ورغم سيطرة العلوم الدينية واللغوية فإن بعض المدرسين كانوا يهتمون بالعلوم (المحضة) ولكن عدد مدرسي هذه العلوم كانوا قلة، وتدريس هذه العلوم عندهم كان لا فائدة منه عمليا. ثم ان دراسة هذه العلوم لم تكن متطورة. فالحساب كان لفهم العمليات الأربع وممارسة التجارة، والفرائض كانت لمعرفة قسمة التركات ونحوها، وكذلك الأمر بالنسبة لعلم الوثائق وعلم الوضع، أما الفلك فقد كان يدرس لمعرفة الزوال وأوقات الصلاة والهلال ونحو ذلك، وليس للملاحة ونحوها، ومهما كان الأمر فهذه هي العلوم المحضة التي كانت متداولة في العهد العثماني ولو بشكل محدود.
- الحساب.
- الفرائض.
- الوثائق.
- علم الوضع.
- علم الفلك لأبي مقرع بالسراج للأخضري.
- الطب والصيدلة.
- ولعل الفرائض والوثائق كانت من أهم هذه العلوم استعمالا، وقد برع فيها عدد من المدرسين والعلماء حتى أصبح يشار إليهم، كما في تراجم الفكون. وقد اشتهر ابن حمادوش في أكثر هذه العلوم لأنه من غير المتصوفين، وهو الذي حكى كيف كان يحاول إقناع أحد الطلبة بتعلم الحساب بتذكيره بأن أهل تونس وأهل الأندلس كانوا أول ما يعلمون أولادهم