وكانت وفاته بالساحل، وجيء به الى القيروان. فدفن بها. وسنه أربع وخمسون سنة. مولده سنة اثنتين ومائتين. فيما قاله أبو العرب. وقال ابن حارث: مولده على رأس المائتين. وفي رثاء أحمد بن سليمان له:
وقد عاش خمساً بعد خمسين حجة ... يحامي عن الإسلام إلا ثمانيا
وصلى عليه الأمير حينئذ ابراهيم بن أحمد بن الأغلب. وضرب على قبره قبة. وضربت الأخبية حول قبره. وأقام الناس فيها، شهوراً كثيرة، حتى قامت الأسواق، والبيع والشراء، حول قبره، من كثرة الناس، حتى خاف من ذلك ابن الأغلب، وبعث الى ابن عم ابن سحنون، المعروف بابن لبدة، ففرق الناس. ورئي في النوم، فسئل، فقال: زوجتي وبي سبعين حوراء، لما علم من حبي النساء. ورأى بعضهم حين مات، سحابة تظلل القيروان، والناس يعجبون من حسنها، إذ قال قائل: أتدرون ما هي هذه السحابة؟ قلنا لا. قال: محمد بن سحنون، ويده بيد الله تعالى. ورثاه الشعراء بمراثي كثيرة. من ذلك قول محمد بن داود وكان من أصحابه:
اذر الدموع على أخرّ مُحجل ... بسطت له أيدي المنون حبالها
ما ضرها لو متّعت بمحمد ... هيهات رب العالمين قضى لها
يا عين جودي بالدموع على الذي ... نشرت عليه المكرمات ظلالها
ولقد رأيت الأرض يوم رأيته ... فوق المناكب زلزلت زلزالها