كان عمل الباحثة في هذا التحقيق، هو منهج النسخة الأم؛ وذلك لأن هذا المخطوط هو بخط المؤلف، ولا يوجد للكتاب - بعد البحث والتنقيب - أي نسخة أخرى، وكان منهج التحقيق كالتالي:
١ - المحاولة بكل ما في الإمكان لإخراج النِّصوص على الصورة الصحيحة التي كتبها المؤلف. وذلك بالمقابلة بين النسخة الموجودة والرجوع إلى أصول النصوص المذكورة في الكتاب، ومقابلتها بأصولها التي أخذت منها، فالمصنف غالبًا ما يذكر مصدر المعلومة التي أوردها، ففي حال وجود المصدر أرجع إليه وأقابله بالمخطوط.
ومن الاجتهاد في قراءة النصوص المحاولة في الرجوع إلى المصادر الأخرى من الكتب المعنية بالموضوع، فمثلًا في الاستنباطات اللغوية رجعت إلى كتب اللغة، وفي أسماء الرجال رجعت إلى كتب التراجم، وفي الأحاديث إلى كتب الحديث، وهكذا إلى أن تمّ قراءة النص.
٢ - تقويم النص المخطوط، بما في الأصول المقتبس منها النص وجعل التصويب بين معكوفتين، مع الإشارة إلى ذلك في الحاشية.
٣ - استخدام قواعد الإملاء والعلامات البيانية المستعملة للكتابات في العصر - الحاضر - كما أني اصطلحت لنفسي. على البعضر منها فأضع الآيات القرآنية بين قوسين مزهرين ﴿﴾، والأحاديت النبوية والآثار بين قوسين مزدوجين " ".
٤ - تصحيح الأخطاء القرآنية التي قلّ ما ترد والإشارة إلى ذلك في الهامش.
٥ - الإشارة إلى بداية كل صفحة من المخطوط، وذلك بوضع خط مائل (/) قبل الكلمة الأولى من أولى كل صفحة، وكتابة رقم اللوحة والوجه في محاذاتها في الهامش بهذا الشكل (٢٢٧/ ب)، فالرقم يشير إلى رقم اللوحة، والحرف يشير إلى أحد وجهي اللوحة. والمقصود منه تسهيل الرجوع إلى الأصل لمن أراد الرجوع إليها.