إن الطبيعة البشرية قضت أن لا يحكم لعمل بالكمال، إذ لا بد أن يعتريه بعض الهفوات، ويطرأ عليه شيء من الهنات، وذلك لحكمة إلهية قضاها الله ﷾، فيتميز بذلك الكتاب الإلهي عن الكتاب البشري، ثم إن هذا لا يُنقص من قدر الكتاب ولا من مكانة مصنفه رحمه الله تعالى. ومن هذه الملحوظات:
- أخطاؤه في بعض الآيات وذلك مثل: في الحديث رقم (٣٥٩): في قوله تعالى: (وما كان لبشر أن يكلمه الله .... علي حكيم)، كتب المصنف:(عليم حكيم).
بعد الحديث (٤٦٣) في قوله تعالى: (إنهم عن ربهم يومئذ لمحجوبون)، أسقط المصنف (يومئذ).
في اللوح (٣٢٥/ب) كتب المصنف: (وقال الذين أشركوا)، والصواب (سيقول).
- أخطاؤه في بعض التراجم: في الحديث (٢٦١) كتب المصنف: عبد الرحمن بن مسلمة، والصواب: عبد الرحمن بن صالح.
في الحديث رقم (٤٠٧) كتب المصنف: زكريا بن أبان، والصواب زكريا بن إياس.
في الحديث رقم (٤٣٧) كتب المصنف: عن عائذ الحضرمي، والصواب: ابن عائش الحضرمي.
في الحديث رقم (٢٥٦) كتب المصنف: زكريا بن منظور عن ثعلبة بن مالك، والصواب: زكريا بن منظور بن ثعلبة بن أبي مالك.
- تكراره لبعض الأحاديث وذلك لأن المخطوط مسودة له. وقد تكرر ذلك في عدد من الأحاديث وليس بكثير. وأيضًا خطؤه في عزو الأحاديث مثل: في الحديث (٦٤٩) كتب المصنف: رواه الخرائطي في مساوئ الأخلاق، والصواب في مكارم الأخلاق.
- يهمل أحيانًا ذكر الصلاة والسلام على النبي ﷺ، وأحيانا كلمة: وسلم. ولا يذكر لفظ الترضي عند ذكر الصحابي غالبًا.