ولد ونشأ في مختار فرقة من قبيلة بنى حسن الشهيرة، ثم دخل فاسا فقرأ ما تيسر من القرآن، ورجع إلى قبيلة سفيان، ثم رحل لمكناسة الزيتون آخر عمره واستوطنها، وقد وقفت على ظهير سلطانى أصدره السلطان أبو عبد الله محمد بن عبد الله العلوى لأولاد المترجم صرح فيه بثبوت شرفهم، وإليك لفظه بعد الحمدلة والصلاة والطابع:
"كتابنا هذا أيد الله أمره، وخلد في الصالحات طيه ونشره، يستقر بيد حملته الشرفاء أولاد الولى الصالح، والبرهان الواضح، سيدى محمد بن عيسى نفعنا الله به أننا أسْدَلْنا عليهم أردية التوقير والاحترام، والرعى الجميل المستدام، والمحاشات عما تطالب به العوام، فلا يسام جنابهم ولا يضام، ولا يدخلهم أذى ولا اهتضام، وأسقطنا عنهم كل وظيف، قوى كان أو ضعيف، وجعلنا زكاتهم وأعشارهم يدفعونها للضعفاء من أقاربهم وعليهم بتقوى الله في ذلك ومراقبته في السر والعلانية رعيا لنسبتهم الطاهرة، واشتغالهم بما يعنيهم، فالواقف على كتابنا الشريف من عمالنا وولاة أمرنا العمل بمقتضاه ولا يتعداه، ومن رام حول حماهم أو قاربهم بشئ فإنا نعاقبه أشد العقوبة، صدر بذلك أمرنا المعتز بالله والسلام في فاتح رجب الفرد الحرام عام ١١٧٤".
ولم أر من تعرض لرفع نسب الشيخ المترجم غير صاحب سلوك الطريق الوارية والمؤلف المنسوب للغزال.
هذا وقد قال في ابتهاج القلوب نقلا عن ابن عسكر في دوحته ما لفظه: سمعت بالتواتر من أهل مكناسة أيام سكناى بها كرامات كثيرة يتحدثون بها عن الشيخ وكان تلميذه شيخنا أبو الحجاج بن مهدى يقول: سيدى ابن عيسى هو الإكسير الذى لا نظير له، ولقد حضرت عنده يوما وقد جاءه تلميذه الشيخ أبو الرواين وقال له يا سيدى: إنى جعلت زمام نفسى بيدك وقد شغفت بحب النساء، فإن لم تكن لك عناية ربانية فصاحبك يعصى الله تعالى في هذه الليلة يعنى