السنة التي حكم فيها جابر على مصر وهي سنة ست وتسعين ومائة- فيها وقع بين عسكر الأمين والمأمون وقائع يطول شرحها. وفيها رفع المأمون منزلة الفضل ابن سهل وعقد له على الشرق طولاً وعرضاً وجعل عمالته «١» ثلاثة آلاف ألف درهم وكتب على سيفه «ذا الرياستين» من جانب رياسة الحرب ومن جانب رياسة القلم والتدبير؛ فقام الفضل بأمر المأمون كما يجب. وولى المأمون أيضا أخاه الحسن ابن سهل دواوين الخراج. كل ذلك والأمين ببغداد في قيد الحياة وفي تعبئة العساكر لقتال المأمون غير أنه ضعف أمره إلى الغاية. وفيها ولى الأمين محمد عبد الملك بن صالح الجزيرة والشام. وفيها خلع الأمين وبويع المأمون ببغداد ثم أعيد الأمين.
وسبب ذلك أنه لما مات عبد الملك بن صالح العباسىّ بالرقّة قام الحسين بن علىّ ابن عيسى بن ماهان فجمع الناس واستقل بالأمر بعد عبد الملك بن صالح، ونفق «٢» في العساكر لأجل الأمين، ثم سار بهم إلى بغداد فاستقبله الأشراف والقواد وضربت له القباب ودخل بغداد في شهر رجب؛ فلما كان الليل بعث الأمين [فى] طلبه؛ فأعلظ الحسين لرسول الأمين وقال: لا أنا مغن ولا مسامر ولا مضحك حتى يطلبني في هذه الساعة! وأصبح فخلع الأمين ودعا للمأمون، فوقع بسبب ذلك أمور وحروب بينه وبين حواشي الأمين إلى أن ظفر به الأمين ثم أطلقه ورضي عنه، وأعيد الأمين للخلافة. ووقع للأمين مثل هذه الحكاية في هذه السنة غير مرة. وفيها وقع بين طاهر