تم إعداد فهارس علمية متنوعة باستخدام خبرة العلماء مدعومة بأحدث التَّقْنِيَّات الحاسوبية التي تساعد الباحث في جميع أعمال البحث والتكشيف للنص، ومن الفهارس العلمية التي ألحقت بصحيح البخاري:
١ - فهرس الآيات.
٢ - فهرس الأحاديث مميزًا فيها المرفوع من المقطوع والحديث القدسي.
٣ - فهرس للرواة مع ذكر مواضع ورود كل راوٍ.
٤ - فهرس الكتب والأبواب.
• العمل في صف وتنضيد الكتاب:
١ - تم وضع اسم الكتب الفقهية الواردة داخل "صحيح البخاري" مثل: (كتاب الإيمان - كتاب العلم … إلخ) في الإطار الأعلى بالصفحة اليسرى كعنوان متكرر على مدار الكتاب كله ورقم الصفحة جهة اليسار.
مثل:
(صحيح البخاري)(كِتَابُ الإِيمَانِ)(٥)
تم وضع اسم الكتاب "صحيح البخاري" كعنوان متكرر في الإطار الأعلى للصفحة اليمنى، ورقم الصفحة في يمين الإطار.