أبلغ السلطان قايتباى المصرى قبل الحريق الثانى بقليل أن مسجد السعادة وخاصة أسطوانة صندوق القبر فى حاجة إلى التعمير، وأرسل المشار إليه شخصا يسمى شمس الدين بن زمن بعد أن عينه أمينا للبناء إلى المدينة المنورة ليسوى قطع رخام الحجرة المعطرة بعد أن يصلح أسطوانة الصندوق الشريف التى انشقت بعد أن أمده بمال كاف وذلك فى سنة ٨٨١ هـ.
وبناء على التعليمات التى تلقاها شمس الدين بن زمن عاين حرم السعادة، وجدد أساطينه ورمم أسطوانة الصندوق الشريفة بإنقاص إحدى أسطوانات مسجد قباء، ورفع قطع الرخام التى على أرضية الحجرة المعطرة من الزاوية الشمالية للجدار الذى أقامه عمر بن عبد العزيز إلى زاوية الجدار الشرقية.
وبينما كان ينزل كسوة القبر وجد فرجة فى الجدار السابق الذكر مغطاة بالطوب اللبن وصبغت بمونة من الجص وأمر بفتح هذه الفرجة بقصد كشف ما بين الجدارين ومعاينته، ومن هنا ألقى نظرة إلى الجدار الذى أحاط به عمر بن عبد العزيز القبور الثلاثة ورأى فرجة فى هذا الجدار أيضا فرجة مستديرة فأمر بفتحها أيضا، وكان هذا الثقب فرجة تسع يدا فى التقاء زاويتى الشرق والشمال للجدار القديم فوسع شمس الدين بن زمن هذه الفرجة وعاين داخل مربع القبر وكشفه، وفى آخر الأمر فكر قائلا كيف أسد هذه الفرجة التى فى الجدار القديم؟ فتحير واضطرب وترك هذا العمل فى الإصلاحات وجمع فى داخل