وبما أن ملوك البلاد الإسلامية لم يرسلوا خلال هذه الفترة منبرا ليوضع فى مسجد المدينة فبنى سكان دار السكينة فى مكان ما من المسجد منبرا من اللبن ظانين أنه محل المنبر القديم وجصصوا داخله وخارجه وذلك فى سنة ٨٨٦ هـ وأخذ خطباء مسجد السعادة يخطبون فوق هذا المنبر، وبعد سنتين هدم هذا المنبر وقلع من مكانه وركز مكانه المنبر الذى أرسله «قايتباى» المصرى وبهذا تغير مكان المنبر الذى صنع فى عصر السعادة؛ لأن السلطان قايتباى المصرى كان قد صنع منبرا حجريا وأرسله، وذلك فى سنة (٨٨٨) هـ وقرر هدم المنبر الذى صنعه أهالى المدينة المنورة فى خلال شهر رجب الفرد من نفس العام، وحفروا الأساس ليوضع مكانه المنبر الجديد ولم يجدوا حيث حفروا أساس المنبر القديم فتركوا هذا المكان وحفروا مكانا آخر؛ وظهرت بقية أساس المنبر القديم فى الجهة الشرقية من المكان المحفور للمرة الثانية، إلا أن القائمين لم يطمئنوا أن هذا المكان هو مكان الأساس القديم فتركوه وأمروا بحفر مكان آخر إلا أن علائم الأساس القديم لم تظهر فى هذا المكان أيضا، وعلى هذا أصر شمس الدين بن زين متعمدا على أن يوضع المنبر حيث حفر أول مرة أى فى المكان الذى بنى فيه أهل المدينة المنبر الترابى قبل سنتين مع أن أهل المدينة لم يفكروا فى التحرى عن أساس المنبر القديم كما أنهم لم يحاولوا بناء منبرهم على أساس المنبر القديم.
وقد أتى الإمام السمهودى بأدلة واضحة على أن المكان الذى حفر للمرة الثانية حيث وجدت بقايا الأساس القديم أنه المكان الذى وضع فيه باقوم النجار أساس المنبر الذى صنعه فى عصر السعادة، وبين أن المنبر الذى أرسله السلطان قايتباى المصرى يجب أن يوضع فوق تلك الحفرة وكسب فى هذا الصدد كثيرا من المؤيدين له من العلماء إلا أن «شمس الدين بن زين» أصر على فكرته وتنفيذ رأيه الفج، وادعى أن أهل المدينة حينما بنوا منبرهم فى سنة ٨٨٦ هـ بالتخمين بنوه على أساس المنبر القديم، وعلى هذا يجب أن يوضع هذا المنبر فوق أساس منبر أهل المدينة ولن أتنازل عن هذا، وابتدأ فى تنفيذ رأيه وأمر بردم الحفرة التى أشار إليها الإمام السمهودى وركز المنبر فى المكان الذى حفر أولا ثم ترك بناء على