[أولا: من أهم عقائدهم]
١ - يرون أن الأرواح مسجونة في هذه الأجسام المكلفة بطاعة الإمام المطهر فإذا انتقلت على الطاعة كانت قد تخلصت وانتقلت للأنوار العلوية وإن انتقلت على العصيان هوت في الظلمات السفلية!.
٢ - يرون رجعة من مات من الأئمة بنوع التناسخ والرجعة ومنهم من ينتظر مجيء من يقطع بموته، ومنهم من ينتظر عودة الأمر إلى أهل البيت.
٣ - يرون العلم لا يكون إلا بالتعلم من الأئمة خاصة، وأن الأئمة هم هداة الناس.
٤ - يقولون لابد من إمام معصوم: أو مستور، فالأئمة الظاهرون هم أنفسهم ويدعون الناس إلى إمامتهم، والمستورون هم الذين يتسترون ويظهرون دعاتهم، وآخر الظاهرين عندهم إسماعيل الذي ينتسبون إليه وأول المستورين ابنه المكتوم.
فهم يعظمون الإمام فجعلوا للأئمة صفات فهم يقولون ظاهرا إن الأئمة بشر كسائر الناس ويأكلون وينامون ويموتون، ولكنهم في تأويلاتهم الباطنية يقولون أن الإمام هو "وجه الله" و"يد الله" و"جنب الله" وأنه الذي يحاسب الناس يوم القيامة ويقسمهم بين الجنة والنار وأنه هو الصراط المستقيم" و"الذكر الحكيم" و"القرآن الكريم".
٥ - ويقولن إن من مات ولم يعرف إمام زمانه مات ميتة جاهلية، ومن لم يكن في عنقه "بيعة إمام" مات ميتة جاهلية".
٦ - يرون نسخ الشريعة وأن الإمام محمد بن إسماعيل أول الأئمة المستورين، والناطق السابع قام بنسخ الشريعة التي سبقته فجمع بين النطق والإمامة، ورفع التكاليف الظاهرة للشريعة فنادى بالتأويل واهتم بالباطن.
٧ - يرون أن محمد بن إسماعيل حي لم يمت، وأنه في بلاد الروم، وأنه القائم المهدي، ومضى القائم عندهم أنه يبعث برسالة وشريعة جديدة ينسخ بها شريعة محمد صلى الله عليه وسلم.
٨ - يدعون ألوهية الإمام بنوع الحلول.
٩ - يرون موالاة أهل البيت، ويتبرؤون ممن خالفهم، وينسبون إلى الأخذ بالباطل والوقوع في الضلال.
١٠ - تبرؤوا من الشيخين "أبو بكر وعمر رضي الله عنهما". ونعتوهما بصفات قبيحة كإبليس وفرعون وهامان والطاغوت وهبل.
وهناك قصة غريبة شيطانية يتداولها الإسماعيلية تدل على حقدهم على صحابة الرسول عليه الصلاة والسلام.
يقول الدكتور محمد كامل حسين:
الإسماعيلية تزعم أن أبا بكر كان حجة جزيرة لآخر إمام في دور عيسى، وبحكم مكانته علم أن الله تعالى سيرسل نبينا يختم به الأنبياء، فطمع أبو بكر في أن يكون هو النبي، ولكن الله أرسل محمدا صلى الله عليه وسلم، فاضطر أبو بكر إلى أن يؤمن بنبوة محمد عليه الصلاة والسلام، طمعا في أن يلى الوصاية، فكان أبو بكر من أوائل الذين اعترفوا بنبوة محمد عليه الصلاة والسلام وعلم أبو بكر أن الله تعالى نص على وصاية علي بن أبي طالب، ولكنه عمل على اغتصاب حق علي ... ثم إن أبا بكر أراد أن يرد الحق إلى أهله وأن ابنه محمدا كان يعظه ويحضه على اتباع علي، ولكن عمر أغراه ومنعه على أن يلى الأمر بعده، فكان عمر خليل أبي بكر وفيهما أنزل الله تعالى يَا وَيْلَتَى لَيْتَنِي لَمْ أَتَّخِذْ فُلَانًا خَلِيلًا [الفرقان: ٢٨] يعني الظالم الثاني "أي عمر". وزعم الإسماعيليون أن قول أبي بكر "لي شيطاني يعتريني فإذا زغت فقوموني" بأن الشيطان هو عمر، لهذا تبرأ الإسماعيليون من الشيخين ونعتوهما بكل الصفات القبيحة كإبليس وفرعون وهامان والطاغوت وهبل وأدلم .. إلى غير ذلك من الألقاب الدنيئة. وسموا جمهور المسلمين الذين لا يدينون بمذهبهم أولاد الزنا، والنواصب، لأنهم بغضوا عليا ونصبوا أعداءه.