التفسير في الجامع الأزهر، وفسَّر خمسة أجزاء من القرآن قبل أن يتوفى، ثم أكمل تفسيره وسار على منهجه محمد رشيد رضا. لقد وضع هؤلاء الثلاثة المنهج الذي ينبغي أن يسير عليه من أراد تفسير القرآن وهو يتلخص بما يلي.
١ - بيان سنن الله في الخلق ونظام الاجتماع البشري وأسباب ترقي الأمم وتدنيها وقوتها وضعفها.
٢ - بيان أن الإسلام دين سيادة وسلطان جمع بين سعادة الدنيا وسعادة الآخرة.
٣ - إن المسلمين ليس لهم جنسية إلا دينهم، فهم إخوة لا يجوز أن يفرقهم نسب ولا لغة ولا حكومة.
لقد أراد الشيخ رشيد أن يجمع بين العقل والنقل ولذا فقد أخذ على المفسرين إخضاعهم النصوص القرآنية الواضحة على القواعد العلمية والفلسفية والأصولية الحادثة دون أن ينطلقوا من ضوابط صحيحة في التفسير اتفق عليها المحققون من علماء القرآن.
وقد انتقد السيد رشيد المؤولين لبعض المتشابهات لمخالفتهم ما كان عليه السلف، فانتقد المفسرين الكلاميين المعتزلة والأشاعرة، ومنهم الإمام الرازي، وقد شن حملاته الشديدة على الصوفية وأفكارهم وبدعهم رافضًا تفسيراتهم الإشارية، وقد قام السيد رشيد بتحقيقات جيدة لتنقية التفسير من الإسرائيليات الكثيرة والأخبار الضعيفة، إن دراسة صاحب المنار للحديث وعلم الجرح والتعديل واطلاعه على قوانين الحياة وقواعد العمران البشري مكنه من نقد سند الإسرائيليات، وقد خالف جمهور العلماء في تعديل كعب الأحبار ووهب بن منبه.
إن المدرسة الحديثة اتبعت منهجًا لها في التفسير وهو يتلخص فيما يلي:
١ - تفسير الآيات ضمن معاني الألفاظ التي كانت متداولة بين العرب أيام نزول القرآن.