ولد الشيخ سنة ١٨٨١ في المراغة من أعمال جرجا بالصعيد، وكان بيتهم بيت علم، وتعلم مبادئ القراءة والكتابة في بلده، وتحت رعاية أبيه، ثم دخل الأزهر وحصل على العالمية سنة ١٩٠٤، وكان إبان وجوده في الأزهر، يحضر دروس الشيخ محمد عبده في الرواق العباسي، فعرفه الإمام عن كثب، وبعد حصوله على الشهادة العالمية ذهب إلى السودان لتولي القضاء هناك، وكان الأستاذ الإمام هو الذي رشحه لذلك، وقد أبدى الشيخ نشاطًا وجرأة وتفهمًا، وقد أهله ذلك كله لمنصب القضاء، وهو مركز لا شك خطير، وبعد عودته من السودان شغل مناصب قضائية متعددة، من رئيس للتفتيش الشرعي بوزارة الحقانية (العدل) إلى رئيس للمحكمة الشرعية العليا ثم عين شيخًا للأزهر سنة ١٩٢٨ م، واستمر في منصبه هذا أربعة عشر شهرًا، ثم عادة إليه مرة ثانية سنة ١٩٣٥ م، إلى أن توفاه الله سنة ١٩٤٥ م.
من أعلام مدرسة الإمام محمد عبده، ومن أشهر رجالها، الأستاذ الأكبر الشيخ محمد مصطفى المراغي، شيخ الجامع الأزهر سابقًا رحمه الله، بل إن كثيرًا من الباحثين يرى أنه أشهر تلاميذه وأكبرهم، كما يقول تشارلس أدمس مؤلف (الإسلام والتجديد). ويقول الأستاذ الشيخ محمد الصادق عرجون (لقد كان أفضل من نهج نهج الأستاذ الشيخ محمد عبده. ويقول أنور الجندي: إنه أقرب تلاميذه إليه، ويعقد مقارنة بينه وبين رشيد رضا ليدلل على ذلك.
ومهما يكن من أمر فإن الأستاذ المراغى تأثر كثيرًا في آرائه ومنهجه بالأستاذ الإمام.