سار ابن الملقن على الترتيب المعروف لصحيح البخاري بحسب نسخته وقلما يحدث تقديم أو تأخير أو ضم أبواب، أو استحداث كتاب عن طريق قسمة كتاب أصلي، وكثيرًا ما ينبه سبط في الحاشية على ذلك، مثاله ما ذكره في "كتاب البر والصلة" وإنما هو قسم من كتاب الأدب، ونبَّه عليه سبط في الحاشية. وهذا لا يؤثر على سياق الشرح.
- منهج ابن الملقن في تخريج الأحاديث والحكم عليها:
لا يخفى أن ابن الملقن من المكثرين في التصنيف في التخريج، وأبرز كتبه في ذلك هو كتاب "البدر المنير" وهو هنا يشرح أصح كتاب بعد كتاب الله تعالى فلم يكن بحاجة إلى تفصيل وتطويل في تخريج أحاديث الباب، فيكتفي بذكر تخريج مسلم والأربعة له، أما في أحاديث الشرح وعند اختلاف الألفاظ فتظهر براعته في استقصاء مصادر الحديث وعلله والحكم عليها، وكثيرًا ما ينقل أحكام المتقدمين على الحديث، وأحيانا يحكم هو أو يذكر الخلاصة في ذلك بعد أن يقدم ما يؤيد كلامه.
- تثبت ابن الملقن من النص:
كان ابن الملقن رحمه الله يتثبت في النص وقد تشتبه عليه بعض الألفاظ فيشير أنها كذلك بالأصل الذي ينقل منه، وتبعه في ذلك تلميذه سبط، ولكن هناك بعض المواضع، القليلة بالنسبة إلى حجم الكتاب، سقطت منه كلمات وربما سطر أثناء نقله من المصدر وقد نجد ذلك في عدة نُسخ -عندما يتاح ذلك في بعض