وخلاف العلماء فيها، كما فعل في ذكر غزو بني قريظة عند ذكر خلاف الصحابة في العمل بقول النبي - صلى الله عليه وسلم -: «لا يصلين أحد منكم العصر إلا في بني قريظة»، فذكر اختلاف الفقهاء في أيهما كان أصوب، وأخذ يرجح بين القولين، ثم عاد بعدُ إلى خبر الغزوة.
وأما الاهتمام بذكر محاسن الشريعة وحِكَمها فهذا كثير في الكتاب، ويذكره المؤلف أحيانًا ابتداء وأحيانًا كثيرة عند ذكر أطراف الخلاف وذكر المرجحات، ويجعل منها أن الحكم الذي اختاره موافق لأسرار الشريعة وحكمها. ويُنظر الفهرس الخاص بأسرار الشريعة وحكمها ضمن الفهارس العلمية.
وأما التكرار فهو ظاهر في مواضع من الكتاب، فقد تتكرر المسألة في المجلد الواحد في مكانين مختلفين، وقد تتكرر مع بعد الفاصل في المجلدات المختلفة، وهذا واضح في المجلد الخامس حين ذكر أقضية النبي - صلى الله عليه وسلم - وأحكامه فيما يتعلق ببعض مسائل الجهاد والغنائم وما إليها، ويكون قد سبق ذكرها بالتفصيل في المجلد الخاص بالمغازي، فنراه يحيل إليه للتوسع. وكذلك مسألة جمع التقديم في السفر والكلام على الحديث الوارد فيه، فقد ذكرها في المجلد الأول (٦٠٥ - ٦٠٨) ثم أعادها في المجلد الثالث ضمن فوائد غزوة تبوك (٦٨٣ - ٦٨٥). ومسألة اشتراط النية في جميع ألفاظ الطلاق والعتاق صريحها وكنايتها، ذكرها في المجلد الثالث (٧٣٥) ثم في المجلد الخامس (٤٥٢). وهناك أمثلة أخرى للتكرار في المسائل والمباحث تُنظر في الفهارس العلمية للكتاب.