في " العريش " ثم في " يافا " بفلسطين. وأغار نابليون في السنة نفسها على يافا فاحتلها وقتل من أهلها نحو ستة آلاف كانوا قد استسلموا، وأكرم من وجد فيها من المصريين، وبينهم عمر مكرم، فعاد هذا إلى القاهرة بعد غياب ثمانية أشهر. واعتزل كل عمل. وعاد نابليون إلى بلاده، وتولى الجنرال " كليبر " حكم مصر. وزحف من الشام جيش عثماني فاقترب من القاهرة، فثار أهلها على الفرنسيين، فكان عمر على رأس الثورة. وقاتلوا الفرنسيين ٣٧ يوما، وضعفوا. وارتد الجيش العثماني عن مصر، بعد معارك، فخرج عمر ناجيا بنفسه. واغتيل الجنرال كليبر (انظر ترجمة سليمان الحلبي) وأنزل الإنكليز جيشا في الإسكندرية (سنة ١٨٠١ م - ١٢١٥ هـ وخرج الفرنسيون من مصر بعد احتلالهم لها ثلاثة أعوام. وعاد إليها عمر مع الحكام العثمانيين، فأعيدت إليه نقابة الأشراف. ولما نقم المصريون على الوالي " خورشيد باشا " وبرز اسم " محمد علي باشا " تزعم عمر حركة النقمة أو الثورة على الأول والمناصرة للثاني. ونجح محمد علي،
فعين واليا على مصر سنة ١٢٢٠ هـ (١٨٠٥ م) فأراد عمر أن يكون له، وهو الزعيم المصري، رأي في سياسة البلاد، فتجهم له محمد علي ثم أبعده (سنة ١٢٢٢ هـ إلى دمياط، حيث أقام نحو أربعة أعوام. ونقل إلى طنطا سنة ١٢٢٧هـ فأقام إلى سنة ١٢٣٤هـ والتمس من محمد علي الإذن له بالحج، فحجّ ورجع إلى القاهرة. ونشبت فتنة خشي محمد على أن تكون لعمر يد فيها، فأمره بالانصراف إلى طنطا (سنة ١٢٣٧ هـ فلم يلبث أن توفي فيها. قال الرافعي: لم يُعرف فضله ولا كوفئ على جهاده، بل كان نصيبه النفي والحرمان والإقصاء من ميدان العمل، ونكران الجميل.
وقال أبو حديد: اقتنى مكتبة كبيرة لا يزال جزء منها محفوظا في دار الكتب