في عبد الله، فثار عليه واستولى على الجزيرة سنة ١٢٥٨ هـ ونشبت بينهما معارك انتهت بهزيمة عبد الله وخروجه من البحرين ووفاته بمسقط (سنة ١٢٦٥) ثم تجددت الوقائع بينه وبين أبناء عبد الله، واتسع نطاقها إلى أن توسط بالصلح الإمام فيصل ابن تركي (صاحب نجد) واستسلم أبناء عبد الله سنة ١٢٨٠ فأكرمهم محمد بن خليفة. وكان قد عني بالإكثار من السفن الحربية الشراعية، فجاءه المستر (بيلي) قنصل الإنجليز في (أبي شهر) وما زال به حتى عقد معه اتفاقا على ألا يتخذ سفنا حربية، وأن يتعهد الإنجليز برد كل غارة بحرية عن (البحرين) وحدث أن اضطر محمد لدفع غارة بحرية قام بها أهل (قطر) للاستيلاء على البحرين، وخشي أن تضيع بلاده إذا لجأ إلى مخابرة القنصل في (أبي شهر) فركب البحر وأوقع بهم (أوائل سنة ١٢٨٤) ولاحقهم إلى قطر، فاتخذ القنصل الإنجليزي ذلك ذريعة للتدخل بشئون البحرين، وعدّه نكثا للاتفاق، فأمر بارجة بحرية بريطانية بضرب البحرين، فهدمت إحدى قلاعها، وأحرق ثلاث سفن شراعية حربية كانت في مينائها، ونزل إلى البحرين فأعلن أن إمارة محمد قد سقطت لنكثه العهد، ونادى بأخ له، اسمه (علي ابن خليفة) أميرا، فتولى الإمارة هذا (سنة ١٢٨٥) وأقام محمد في (دارين) مدة جمع بها جيشا وهاجم البحرين فقتل أخاه عليا (سنة ١٢٨٦) ودخلها ظافرا.
ولم يكد يستقر حتى تآمر عليه خصومه القدماء، أبناء عبد الله، فاختطفوه واعتقلوه في قلعة (أبي ماهر) بالبحرين، ونادوا بأحدهم (محمد بن عبد الله) أميرا. وجاءهم قنصل الإنجليز، من أبي شهر، على بارجة حربية، فخلع محمد بن عبد الله، واستشار أهل البحرين فيمن يولون إمارتهم، فاختاروا عيسى بن علي بن خليفة (ابن أخي صاحب الترجمة) وكان في قطر، فكتب إليه القنصل، فجاء،