ودفن بالبقيع سنة ١٣٣ هـ وفي اتعاظ الحنفاء أنه بعد وفاته قام ولده (محمد) المعروف بالمكتوم، لأنهم كانوا يكتمون اسمه كما كتموا بعد ذلك أسماء آخرين، حذرا عليهم من خلفاء بني العباس، لأن هؤلاء علموا أنّ فيهم من يروم الخلافة. وقال ابن خلدون: إنّ الإسماعيلية تقول في ابنه (محمد) إنه السابع التامّ من الأئمة (الظاهرين) وهو أول الأئمة (المستورين) عندهم، الذين يستترون ويظهرون الدعاة، وعددهم ثلاثة، ولن تخلو الأرض من إمام منهم، إما ظاهر بذاته، أو مستور لابد من ظهور حجته ودعاته. والأئمة يدور عددها عندهم على سبعة، والنقباء على اثني عشر، وأول الأئمة المستورين عندهم محمد بن إسماعيل وهو محمد (المكتوم) ثم ابنه جعفر (المصدّق) ثم ابنه محمد (الحبيب) ثم ابنه عبيد الله (المهدي) صاحب الدولة بإفريقية والمغرب، التي قام بها أبو عبد الله الشيعي في كتامة. وكان من الإسماعيلية القرامطة، ودولتهم بالبحرين.
وكان مذهب الإسماعيلية في كتامة من لدن الدعاة الذين بعثهم جعفر الصادق إلى المغرب، فلما جاء أبو عبد الله الشيعي، قادما من اليمن، وجد هذا المذهب في كتامة فقام على بثّه وإحيائه.
ويقول هيوار Huart Cl. في دائرة المعارف الإسلامية: توفي إسماعيل في المدينة سنة ١٤٣ أي قبل وفاة أبيه بخمسة أعوام، ولكن الإسماعيلية يزعمون أنه رئي في سوق البصرة بعد خمس سنوات من موت أبيه، وقد ترك أبناء إسماعيل المدينة لما لحقهم من الاضطهاد السياسي الّذي أحاق بالعلويين، فذهب (محمد) وهو الابن الأكبر إلى إقليم (دماوند) بالقرب من الريّ واختفى هناك، واختبأ أبناؤه في خراسان، ثم ذهبوا إلى قندهار فالهند وما زالوا هناك إلى اليوم، وذهب أخوه (عليّ) إلى الشام فبلاد المغرب، وكان أبناء إسماعيل يبعثون الدعاة إلى العالم