تظهر له الإخلاص وتبطن نقيضه، وعلى رأس هؤلاء أقرب الناس إليه عبد الله بن أحمد المعروف بابن الوزير (انظر ترجمته) وخرج ولد له يدعى " إبراهيم " عن طاعته، فلجأ إلى عدن وجعل دأبه التنديد بأبيه والتشهير بمساوئ الحكم في عهده. وكان هذا على اتصال بابن الوزير وحزبه ومرض الإمام يحيى، ووصل إلى إبراهيم نعيه، وهو حيّ، فتعجل إبراهيم بالإبراق إلى أنصار له في مصر، يذكر موته، وأن الحكم من بعده أصبح " دستوريا " وسمى رجال الدولة " الجديدة " وهم ابن الوزير وجماعته. وشفي الإمام من مرضه، وانكشفت له صلتهم بابنه، فخافوا بطشه، فأتمروا به. وخرج بسيارته يتفقد مزرعة له تبعد عن صنعاء ٨ كيلو مترات، في طريق الحديدة، ففاجأه بعض صنائعهم بسيارة تحمل مدفعين رشاشين و ١٥ بندقية، وانهالوا عليه برصاصهم، فقتلوه، ومعه رئيس وزرائه " القاضي العَمْرى " ودفن في مقبرة كان قد أعدها لنفسه.
وخلّف ١٤ ولدا يلقَّبون بسيوف الإسلام. وكان شديد الحذر