والعمارة الثالثة التي أحدثت في مسجد الشافعي وهي التي تم فيها هدم المسجد القديم وبناؤه أحسن بناء هي التي قام بها التاجر الهندي الخواجا محمد علي، وقد تمت هذه العمارة في منتصف القرن العاشر الهجري تقريبا سنة ٩٤٠ هـ.
أما ما ورد عن الدكاكين والبيوت التي بناها التاجر المذكور بمعونة أثرياء الهند، فقد تكون هي الدكاكين التي يضمها سوق الجامع وهو سوق ملاصق للمسجد من الجهة الجنوبية، وأرجح أن نسبة الجامع في هذه التسمية تعود إلى هذا السوق، وقد تكون البنت التي ادعت بملكية هذه الدكاكين استولت عليها، ثم آلت الدكاكين بعد ذلك إلى المسجد.
وقد اشترى الشيخ أحمد الزهرة بيتا من أكبر بيوت مدينة جدة يقع في شرقي المسجد قريبا منه، كان يسمي الصبان، وكانوا من أكبر تجار جدة، وأوقفه على المسجد وقد ذكرت ذلك في ترجمته في أعلام الحجاز (١٧٣).
هذا ولا يزال سوق الجامع في موضعه ملاصقا للمسجد، وللمسجد باب جنوبى يفتح على هذا السوق، وهو سوق عامر بالدكاكين، تقوم عليه وعلى المسجد وزارة الأوقاف - والله أعلم -.