وانتقدوه بعد خلعه بأن سار بجيش للقتال يحمل أسلحة غير صالحة للقتال وربما ثار المدفع من خلفه فقتل من يطلقه إلى غير ذلك مما اتهموه به من الخيانة، ولما كان قبل تنفيذ ثورة عام (١٩٥٢ م) كان هناك اتصال بين الضباط الأحرار وتنظيم الإخوان المسلمين للقيام بتنفيذ بعض الأعمال لإنجاح الثورة ومن خلال تلك المشاركة ظن الإخوان المسلمون أن لهم الحق في المشاركة في الحكم، ولكن عندما سيطر عبد الناصر ورفاقه على مقاليد الأمور في مصر أصدرت الحكومة الناصرية قرارًا بحل التنظيم رسميًا، وبما أن محمد نجيب الذي تولى الرئاسة بعد فاروق مصدر معارضة لسلطة جمال وتحركه فقد أبعد وتولى الرئاسة جمال.
وبما أن حسن البنا رحمه الله قد قتل فقد ظهر المفكر الشيخ سيد قطب الذي خرج من السجن عام (١٩٦٤ م) وتولى تنظيم الإخوان المسلمين وقام جمال عبد الناصر لما رأى نشاط سيد قطب وما أثبته في كتابه الشهير (معالم في الطريق) فقبض على قطب وعلى الكثير من أعضاء جماعة الإخوان المسلمين بتهمة محاولة قلب نظام الحكم ومحاولة اغتياله فزجهم في غيبات السجون.
وأمر زبانيته بتعذيبهم عذابًا لم يفعله فرعون ولا جنوده وأعوانه، تارةً بسلاسل الحديد وتسخيرهم لقطع الحجارة في إحراق الشمس، وتارة ضربهم وهم عراة لا يجعل لهم ما يسترون به سوآتهم والتضييق عليهم في زنزاناتهم وإرسال الثلج عليهم وهم قيام عراة وشيهم بالنار، وإرسال الكلاب عليهم تنهشهم جائعة وهم مقيدون، وتارة بتعليقهم بأرجلهم وقتًا طويلًا وضرب رؤوسهم بأسياخ الحديد وكيهم بالنار في المواضع الحساسة كالعيون والمناخر والعورات، وقد قدمنا شيئًا من ذلك وعلى من أراد الاطلاع فعليه بمعاملتهم لزينب الغزالي وسيد قطب، مما تستك عنده الأسماع وتتغير الأوضاع وإطلاق العيارات النارية عليهم وأشياء لا يكاد يصدق بها السامع، وقد أثبتت في كتب ورواها المشاهدون للغائبين ومعاملتهم بالمعاملات اللاأخلاقية كإحضار زوجاتهم وبناتهم بين أيديهم تفعل الجنود بهم