كان فيليب الثاني قد تشجع لاحتلال تونس بسبب لجوء السلطان الحفصي أبي العباس الثاني - الذي حكم تونس ٩٤٢ - ٩٨٠هـ - إليه، وطلب منه المساعدة في إخماد الثورات بإعطائهم امتيازات كبيرة، وتتيح لهم سكن جميع أنحاء تونس، وتتنازل عن عناية وبنزرت وحلف الواد فرفض أبو العباس الشروط ولكن أخاه محمد بن الحسين قبلها بعد ذلك خرج دون جون بأسطوله من جزيرة صقلية في رجب ٩٨١هـ, على رأس أسطول مكون من ١٣٨ سفينة تحمل خمسة وعشرون ألف مقاتل، ونزل بقلعة حلق الواد التي كانت تحتلها أسبانيا، ثم باغت دون جون تونس واحتلها وخرج أهلها بوادي تونس فارين بدينهم من شر الأسبان، كما انسحب الحاكم العثماني إلى القيروان وكانت أوروبا قد أدركت أنها لاتستطيع أن تقضي على الدولة إلا مجتمعة وأما الأسبان فلما دخلوها فقد نهبوها وأخربوا جامع الزيتونة فيها ونهبوا الكتب النادرة فيها وطرحوا أكثرها في الشوارع لتداس تحت أقادم الجنود.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً