لما وصل الحسين بن حسن الأفطس لمكة من قبل أبي السرايا وفعل في مكة ما فعل من تغيير كسوة الكعبة وتخريب ونهب وصله خبر هزيمة أبي السرايا ذهب إلى محمد بن جعفر بن محمد بن علي بن الحسين وبايعه فأقاموه في ربيع الأول، وبايعوه بالخلافة، وجمعوا له الناس، فبايعوه طوعاً وكرها وسموه أمير المؤمنين، فبقي شهوراً وليس له من الأمر شيء، ثم لما وصل عامل اليمن وجيش هرثمة من الكوفة هرب محمد بن جعفر إلى الجحفة ثم قبض عليه وطلب الأمان وقال أنه وصله أن المأمون مات فدعى لبيعة نفسه فلما صح الخبر عنده أنه لم يمت خلع نفسه من الخلافة، ثم بعد ذلك أرسل إلى المأمون ثم سار إلى جرجان ومات بها سنة ٢٠٤ هـ وهو المعروف بالديباج.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً