بدأ الإخوان المسلمون في السودان يطالبون بتعديل الدستور وتقييد صلاحيات السلطات المطلقة للرئيس وحرية الصحافة وقاطعوا الاستفتاء، ثم بدأت المظاهرات سخطا على غزو الروس لأفغانستان وأخذت المظاهرات تنادي بتطبيق الشريعة إذ أيد ذلك قيام الثورة الخمينية في إيران التي كانت تعلن تطبيق الشريعة في ظاهر الأمر، ثم زاد السخط بزيارة السادات للقدس لمفاوضة اليهود، وازداد الإلحاح على تطبيق الشريعة لإنقاذ الوضع السوداني وخاصة بعد أن أفلست القوانين الوضعية من رأسمالية واشتراكية وشيوعية ولم تنجح أي منها في إصلاح الأحوال، فتشكلت لجنة لتعديل القوانين حتى تتماشى مع الشريعة الإسلامية حتى انتهت من مهمتها وبدأ تطبيق الشريعة الإسلامية ينفذ من شهر ذي الحجة ١٤٠٣هـ / أيلول ١٩٨٣م فأثار هذا الأمر الأعداء شرقا وغربا، فتحرك اتحاد الكنائس العالمي والإرساليات التنصيرية والدول الصليبية وأتباع الأنظمة الوضعية كلها وإسرائيل وأصحاب العصبيات وحذر الرئيس السوداني من مغبة هذا الأمر، فخاف على مركزه وأخذ يحيد عن رأيه، فأعلن الرئيس جعفر النميري في جمادى الآخرة ١٤٠٥هـ / آذار ١٩٨٥م عن اكتشاف مؤامرة ضده من الإخوان المسلمين فألقى القبض على بعضهم وأبعد بعضهم وأعلن تغيير الوزارة. لكن أمره لم يدم طويلا إذ قامت حركة ضده وأطاحت بنظامه وبقي المسلمون يعملون على استمرار تطبيق الشريعة بينما أخذ أعداؤهم من الرأسماليين والشيوعيين والعلمانيين والصليبيين واليهود يحاربونهم باستمرار حتى دعموا حركة التمرد في الجنوب للتخلص من تطبيق الشريعة الإسلامية.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً