استعمرت فرنسا جزر القمر الكبرى وأنجوان ومايوت وموهيلي بين ١٨٤٣ و١٩٢٠م ووضعتها تحت إدارة الحاكم العام في مدغشقر. وفي سنوات لاحقة أقام المقيمون الفرنسيون والشركات الفرنسية وبعض التجار العرب الأغنياء اقتصاداً زراعياً يعتمد على المزارع التي كانت تصدر ثلث الإنتاج. وفي سنة ١٩٤٧م أصبحت جزر القمر واحدة من الأقاليم الفرنسية فيما وراء البحار وأعطيت تمثيلاً في البرلمان الفرنسي. وقيل: عرفت جزر القمر دوليا لأول مرة عندما ظهرت على خريطة العالم التي رسمها الرحالة البرتغالي ديوجو ريبير عام (٩٣٤هـ = ١٥٢٧م)، ورغم سيطرة النفوذ الإسلامي والعربي على الجزر فإن الاضطرابات كانت تسودها، واستطاعت فرنسا أن تفرض سيطرتها على جزيرة مايوت سنة (١٢٥٩هـ = ١٨٤٣م). وقام فود من سكان جزيرة إنجوان بمقابلة قائد القوات المصرية في شرق إفريقيا رضوان باشا في (١٢٩٢هـ = ١٨٧٥م) وطلبوا منه دخول الجزيرة تحت الحماية المصرية، إلا أن الحكومة المصرية كانت مشغولة بتدعيم سيطرتها على مناطق أخرى أكثر من اهتمامها بتلك الجزر الصغيرة، لذلك لم تعط هذه الدعوة أية اهتمام، فوقع حكام إنجوان معاهدة مع الإنجليز سنة (١٣٠٠هـ = ١٨٨٢م) نصت على إلغاء تجارة الرقيق في الجزيرة، فثار تجار الرقيق على هذه المعاهدة، واندلعت حروب أهلية، فطلب حكام الجزيرة فرض الحماية الفرنسية عليهم ووقعت معاهدة بذلك في (١٣٠٤هـ =١٨٨٧م) أما جزيرة موهيلي فاحتلتها فرنسا سنة (١٣٠٣هـ =١٨٨٦م). ورغم وجود أغلبية مسلمة في الجزر الأربع فإنهم لم يكن لهم دور فعال في مقاومة النفوذ الفرنسي، كما لم يحاولوا تنظيم أنفسهم، وانشغلوا بالحروب الأهلية فيما بينهم. وصدر قرار فرنسي سنة (١٣٣٠هـ = ١٩١٢م) أصبحت بموجبه هذه الجزر مستعمرة فرنسية، وألحقت بمدغشقر، وبقيت تتبعها عامين، ثم انفصلت وأصبحت مستعمرة مستقلة حتى الحرب العالمية الثانية. وفرضت بريطانيا سيطرتها على الجزر أثناء الحرب بعد هزيمة فرنسا أمام ألمانيا، واتخذتها قاعدة لسفنها الحربية في المحيط الهندي، ثم عادت هذه الجزر إلى فرنسا بعد انتهاء الحرب.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً