بدأت العلاقة بين الطرفين المصري والسوري تسوء عندما عين عبد الحكيم عامر المصري حاكما على سوريا في عام ١٣٧٩هـ / ١٩٥٩م فاستقال وزراء حزب البعث ونائب رئيس الجمهورية البعثي أكرم الحوراني وذلك لظنهم أنهم سيحكمون ما داموا هم المنظمين، وحدث استياء عام في الوسط المثقف وفي الجيش وحتى بين الشيوعيين الذين غادر أكثرهم البلاد وعلى رأسهم زعيمهم خالد بكداش، حتى في المجال التعليمي قدم أعداد من المصريين إلى سوريا وعدد منهم له عمل سري في المخابرات التي كثرت بشكل كبير في سوريا لحساب جمال عبدالناصر، وفي الجيش تسلم ضباط مصريون قطعات الجيش السوري حتى إن الضابط السوري أصبح تحت إمرة الضابط المصري الجديد دون مراعاة الأقدمية، ولكن لا يستطيع أحد إبداء أي استياء خوفا من البطش الشديد الذي اشتهر به جمال عبدالناصر ضد من يعارضه بل ومن يبدي نقده، فبدأ العمل سرا بين بعض الضباط السوريين ومن بينهم عبدالكريم النحلاوي مدير مكتب المشير عبدالحكيم عامر ومدير شؤون الضباط واستطاع أن يجمع حوله عددا من الضباط من اختصاصات مختلفة منتظرا الوقت المناسب، حتى كان يوم ١٨ ربيع الثاني ١٣٨١هـ / ٢٨ أيلول ١٩٦١م وقع الانفصال الذي دبره النحلاوي مع الضباط السوريين.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً