بعد رحيل بونابرت إلى فرنسا أقبل كليبر على تصريف الأمور بكل همة، فأعد تنظيم الحكومة وقسم القطر المصري إلى ثمانية أقاليم إدارية، وبادر بالكتابة إلى الصدر الأعظم ينفي رغبة فرنسا في انتزاع مصر من تركيا، ويذكر الأسباب التي جعلت فرنسا ترسل حملتها إلى مصر وهي محاولة إلقاء الرعب في قلوب الإنجليز وتهديد ممتلكاتهم في الهند وإرغامهم على قبول الصلح مع فرنسا، بالإضافة إلى الانتقام مما لحق بالفرنسيين من أذى على أيدي المماليك، وتخليص مصر من سيطرة البكوات وإرجاعها إلى تركيا، ثم طلب كليبير من الصدر الأعظم فتح باب المفاوضات من أجل جلاء الفرنسيين عن مصر، وقد جرت هذه المفاوضات بالفعل في مدينة العريش وأسفرت عما يسمى باتفاقية العريش (٢٤ يناير ١٨٠٠م) التي نصت على: جلاء الفرنسيين عن مصر بكامل أسلحتهم وعتادهم، وعودتهم إلى فرنسا. هدنة ثلاثة شهور قد تطول مدتها إذا لزم الأمر، ويتم خلالها نقل الحملة. الحصول من الباب العالي أو حلفائه - أي الإنجليز وروسيا- على بلاده على أن تتعهد تركيا وحلفاؤها بعدم التعرض لهذا الجيش بأي أذى. غير أن الحكومة البريطانية عندما بلغتها أنباء مفاوضات العريش كانت قد أتخذت موقفاً من شأنه تعطيل إتفاقية العريش عن إبرامها، إذ كانت تخشى من أن يعود جيش فرنسا المحاصر في مصر إلى ميادين القتال في أوروبا، فترجح كفة الجيوش الفرنسية ويختل ميزان الموقف العسكري في القارة. ولما كان من المعتقد في ضوء رسائل الضباط والجنود الفرنسيين إلى ذويهم في فرنسا، والتي وقعت في أيدي رجال البحرية البريطانية أن الحملة الفرنسية تمضي ببطء داخل الأراضي المصرية فقد فضلت حكومة لندن أن يبقى الفرنسيون في مصر أو يسلموا أنفسهم كأسرى حرب. ولذلك أصدرت في ١٥ ديسمبر ١٧٩٩م أوامر صريحة إلى اللورد كيث القائد العام للأسطول البريطاني في البحر المتوسط برفض أي اتفاق أو معاهدة بشأن الجلاء عن مصر، طالما كان هذا الاتفاق لا ينص على ضرورة أن يسلّم الفرنسيون أنفسهم كأسرى حرب تسليماً مطلقاً دون قيد أو شرط، فأعد كيث رسالة بهذا المعنى إلى كليبير وصلته في أوائل مارس ١٨٠٠م.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً