كان المنصور قد حبس عبدالله بن الحسن والد محمد النفس الزكية وكان هم المنصور هو الظفر بمحمد هذا الذي كان متخفيا في المدينة وأخيه إبراهيم وذلك أنهما تخلفا عن الحضور إليه في موسم الحج فخاف من أمرهما ثم إن محمدا دعا للبيعة لنفسه بعد خروج المنصور إلى الكوفة فكتب المنصور له كتابا بالأمان فرفضه وكتب هو للمنصور كتابا مضمونه أنه هو أحق بالولاية منه فانتشر أمر محمد في المدينة وبايعه خلق كثير وقوي أمره حتى أرسل بعض الجند إلى مكة ليبايعوا له فيها وبعث لأهل الشام فأبوا عليه واعتذروا بأنه ليس له قوة في بلده التي هو فيها فكيف يطلب مثل هذا وقد ملوا الحروب بين بعضهم ثم إن المقاتلين الذين أرسلهم إلى مكة دخلوها ولم يكونوا يزيدون على ثمانين وأما في البصرة فقام إبراهيم أخو محمد وبايع أيضا له خلق فجهز له المنصور جيشا بقيادة عيسى بن موسى فعلم محمد النفس الزكية بالأمر فحفر خندقا ثم جاء جيش عيسى وبقي أياما يدعوه للطاعة ويأبى ودعى أهل المدينة للخروج فليسوا هم المقصودون وأحل محمد من أراد من بيعته إن خاف فرجع خلق عنها ثم بعد عدة أيام نشبت الحرب بينهما وكانت حربا شديدة جدا ودخل عيسى المدينة وبقي القتال حتى لم يبق مع محمد النفس الزكية إلا نفر ثم قتل وبعث برأسه إلى المنصور ونودي بالأمان لأهل المدينة.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً