بعد مقتل كليبير آلت القيادة العامة للحملة إلى الجنرال مينو باعتباره أكبر ضباط الحملة سناً وكان هذا القائد من أنصار البقاء في مصر وخط سياسته استهدفت توطين الفرنسيين فيها إلا أن الضغوطات الداخلية والخارجية أضطرته إلى مغادرة مصر بعد الهجوم المشترك الذي قام به الانجليز والعثمانيون على الفرنسيين في مصر. لقد تظافرت عوامل عدة أرغمت المحتلين الفرنسيين على الخروج من مصر في النهاية، منها تحطيم أسطولهم في معركة أبي القير البحرية، وسيطرة الانجليز البحرية في البحر المتوسط، وتشديدهم الحصار على الشواطئ المصرية، مما أعجز الحكومة الفرنسية عن إرسال النجدات والإمدادات إلى فرنسا في مصر، وانضمام الدولة العثمانية إلى أعداء فرنسا، والانقسام الذي حدث في صفوف الحملة وبدأت بوادره منذ بدأ جيش بونابرت زحفه الشاق من الاسكندرية إلى القاهرة، ثم استفحل أمره بعد رحيل بونابرت وخصوصاً عقب مصرع كليبر وإبان قيادة مينو للحملة، وجهاد الشعب المصري المسلم ضد الاحتلال الفرنسي الصليبي، ذلك الجهاد الذي تمثل في ثورتي القاهرة الأولى والثانية، وفي العمليات الجهادية التي اشتعلت في الدلتا، وفي المقاومة التي اشتدت في الصعيد. ودون أدنى شك كان لجهاد مسلمي مصر للحكم الفرنسي بالغ الأثر في زعزعة أركانه، وفي عجز الفرنسيين عن بلوغ غايتهم وتنفيذ أهدافهم وانهيار آمالهم في تشييد تلك المستعمرة الجميلة التي كانوا يحلمون بإتخاذها نواة لإمبراطوريتهم الاستعمارية الجديدة في مصر، وأما الإنكليز الذين دخلوا إلى مصر بدعوى إخراج الفرنسيين فإنهم ايضا خرجوا بموجب معاهدة أميان التي كانت بين الفرنسيين والإنكليز في عام ١٢١٧هـ
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً