وصل الهولنديون إلى سومطرة وجاوه عام ١٠٠٥هـ وحدث بينهم وبين السكان معارك وحاول البرتغاليون الوقوف في وجه الهولنديين فتحركوا بسفنهم ضدهم وكان الأندونيسيين قد تحالفوا ضمنا مع الهولنديين ضد البرتغاليين ظنا منهم أنهم سيتخلصون من الحقد البرتغالي الصليبي، فتزحزت البرتغال عن أندونيسيا ولكن هولندا لم تكن بأحسن حالا من سلفها فالصليبيون هم الصليبيون فانقضوا على الجزر الأندونيسية سلبا ونهبا وقتلا، ثم بدأت المعارك بينهم وبين الممالك الإسلامية وخاصة متارم، ولكن أمرها لم يدم طويلا حيث بدأت المنافسة الإنكليزية تظهر عام ١٠٢٧هـ ولكن بعد أن انتهت الحروب في أوربا وبعد انتهاء الحرب بين إنكلترا وهولندا أيام حروب نابليون عادت الحكومة الهولندية واستعمرت أندونيسيا حيث كانت إنكلترا قد احتلتها بعدها، ثم وقعت معاهدة بين إنكلترا وهولندا تركت إنكلترا بموجبها أندونيسيا لهولندا التي رفعت علمها عليها من جديد عام ١٢٣٢هـ لكن حدثت عدة حروب منها حروب ديبو نيغورو الأمير المسلم واستمرت حروبه خمسة أعوان، وحروب بدري الجمعية الخيرية وحروب آتشيه شمالي سومطرة واستمرت حروبهم أكثر من ثلاثين سنة، غير الاضطرابات السكانية بين الفينة والأخرى.
(تنبيه): التاريخ الميلادي تقريبي نظراً لاشتماله على أكثر من عام هجري أحياناً