(٢) (من الحكماء المشهورين والمتفلسفين المذكورين اشتهر بشبهة في علم الكلام تمسّ الدين وهي «لم لا يجوز أن تكون هويتان بسيطتان مجهولتا الكنه مختلفتان بتمام الماهية يكون كل منهما واجب الوجود بذاته ويكون مفهوم واجب الوجود منتزعا منهما مقولا عليهما قولا عرضيا؟» وهذا تعريض بقول المتكلمين: إن واجب الوجود أحدي الذات من جميع الجهات. وله عدّة كتب في الفلسفة منها «تنقيح الأبحاث في البحث عن الملل الثلاث» والتذكرة في الكيمياء (كما في كشف الظنون) و «الجديد» في الحكمة، و «شرح التلويحات في المنطق والحكمة» لشهاب الدين يحيى السهروردي قتيل حلب، وفي خزانة كتب الزهاوي نسخة من الجديد في الحكمة عرضت بعد وفاته للابتياع، والكتاب الثاني ذكره مؤلف كشف الظنون في «التلويحات والمنطق والحكمة» وله كتاب «شرح الاشارات والتنبيهات» في المنطق لابن سينا ومنه نسخة في خزائن آيا صوفيا باستنبول، وفيها نسخة من شرح التلويحات المذكورة آنفا، وقد ردّ على ابن كمونة هذا كتابه «تنقيح الأبحاث» معاصره مظفر الدين أحمد بن علي المعروف بابن الساعاتي المتوفى سنة «٦٩٤ هـ» بكتابه «الدرر المنضود في الردّ على فيلسوف اليهود» وزين الدين سريجا بن محمد الملطي ثم المارديني الشافعي المتوفى سنة «٧٨٨ هـ» بكتابه «نهوض حثيث النهود الى دحوض خبيث اليهود». «كشف الظنون ٣٩٣، ٤٨٢، ٤٩٥، ٦٨٥، ٧٣٤، ٩٩٤» و «لغة العرب ٦: ٤٢٠» و ٧: ٣٦٨).