ثم مضت المذكرة تعدد الفنون التي ترغب إدخالها في الدراسة ولكن كلها مساع لم يتم فيها شيء إلى أن جاء جمال الدين الأفغاني وتلميذه النبيل الشيخ محمد عبده فأنشأ في عهده مجلس إدارة الأزهر بأمر من الخديوي عباس حلمي الثاني سنة ١٣١٢ وتكون المجلس من كبار علماء الأزهر من اختصاصه الأشراف على سير الدراسة في الأزهر فادخل بعض الدروس كأدب البحث والمصطلح ومتن اللغة ورسم الحروف والعروض..الخ.
ثم قسم المنهج إلى مراحل ثلاث: مرحلة أولية ومرحلة ثانوية ومرحلة عالية بقانون واستبدل به ثلاث كليات عالية بقانون ١٣٢٦ وهكذا إلى سنة ١٣٥٢ في عهد الشيخ محمد الأحمدي الظواهري فألغى القسم العالي واستبدل به ثلاث كليات: أ- كلية أصول الدين. ب– كلية الشريعة. ج- كلية اللغة العربية.
وكانت نهاية هذه الإجراءات قانون ١٩٣٠ ميلادية الذي حدد وظائف المتخرجين مابين أعمال كتابية وتدريس ووعظ وقضاء بالمحاكم الشرعية. ثم جاء التعديل الأخير بعد الثورة. والذي يظهر من كل هذه التعديلات أنها كانت تتجه بالأزهر نحو وجهة التعليم المدني من حيث الشكل والنتيجة وإن اختلفت من حيث الموضوع وكلها باسم الإصلاح والتقريب بين المناهج المختلفة في البلد الواحد حتى لا يبقى للفوارق بين متعلمي الأمة مكان، وتيسير سبل العمل بعد التخرج لتكسر حدة الحقد ويقصر أمد التطلع.
إذن فالتعليم الثنائي من مشاكل التعليم الجامعي حيثما كان، والقائمون على التعليم يعملون على إصلاحه منذ كان، غير أنها كلها حلول مؤقتة ومجهودات فردية لم تصل إلى الغاية المنشودة.
أما حل هذه المشكلة على ضوء الإسلام:
فإنه كما سبق يكون بالعمل على استئصال سبب الإشكال واقتلاع جذور المشكلة من أول ظهورها، والحل هنا بالذات من جهتين: