حظيت الجامعة الإسلامية بعناية من خادم الحرمين الشريفين منذ تاريخ إنشائها حين كان حفظه الله متبوئا لمسؤولية التعليم وزيراً للمعارف. وفي عهد جلالة الملك خالد بن عبد العزيز-رحمه الله-صدر أمر ملكي كريم برقم١/١٨٩وتاريخ٢٥/٨/١٣٩٥هـ يقضي بتعيين صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن عبد العزيز ولي العهد والنائب الأول لرئيس مجلس الوزراء رئيساً أعلى للجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة. ومن مظاهر اهتمامه حفظه الله بالجامعة حضور الحفل السنوي لخريجي الجامعة لعام ٩٦/١٣٩٧هـ مساء يوم السبت ٦/٧/١٣٩٧هـ وترأس حفظه الله المجلس الأعلى للجامعة في دورته الأولى عام ١٣٩٦هـ ودورته العاشرة في عام ١٤٠٠هـ. وبعد توليه حفظه الله - أمر هذه البلاد، ولاهتمامه وعنايته بالجامعة فقد احتفظ لنفسه بحق الإشراف المباشر على الجامعة وصدر بذلك أمر ملكي كريم برقم١/٥٠٥ وتاريخ ١٧/١١/١٤٠٢هـ جاء فيه:((يعتبر رئيس مجلس الوزراء رئيساً أعلى للجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة)) فكان حفظه الله يحرص على حضور جلسات مجلسها الأعلى باستمرار. وفي يوم الثلاثاء الموافق ١٦/ من شهر محرم سنة ١٤٠٣هـ قام خادم الحرمين الشريفين بزيارة الجامعة ولقد توالت زياراته حفظه الله لهذه الجامعة المباركة ففي يوم الخميس الموافق ٨ صفر عام ١٤٠٥هـ تفضل حفظه الله بزيارة الجامعة وأزاح الستار عن اللوحة التذكارية لمشروع المدينة الجامعية.