هذا الحكم وانهالت برقيات الاحتجاج وتدخلت حكومة المملكة العربية السعودية في ذلك الوقت فخفف الحكم إلى السجن المؤبد وحين طلب منه أن يلتمس العفو رفض في عزة المؤمن بالله قائلاً:"إن تعليقي على حبل المشنقة أهون عليّ من أن أطلب العفو من أناس يعرفون جيداً ما هي التهمة الموجهة ضدي"وفي هذا السجن أكمل تفسيره الشهير "بتفهيم القرآن"في سبعة مجلدات وفي سنة ١٩٥٥م صدر حكم بالإفراج عنه وعن زملائه ثم في عام ١٩٦٧م أعتقل مرة أخرى لمدة شهرين ثم أطلق سراحه، هكذا كانت حياة المودودي سلسلة متصلة الحلقات من الكفاح الطويل والنضال المرير وألف مجموعة من الكتب الفكرية هدف منها إلى تنقيح الأفكار وغربلة الدعوات ومعالجة المشكلات في الاقتصاد والاجتماع والتربية والسياسة كما هدف إلى إفراغ التعاليم الإسلامية في قالب عصري يلائم مدارك أهل العصر وأذواقهم مع الاحتفاظ بالأصالة الإسلامية التي لا تميع فيها ولا جمود وقد كشف النقاب عن عورات زنادقة هذا العصر والمحرفين والقاديانيين وفند مزاعم منكري حجية السنة وانتقد جمود بعض علماء المسلمين وزيف أباطيل المتصوفة المنحرفين عن منهج الكتاب والسنة ومعظم تراث هذا الداعية باللغة الأردية لم يترجم منه إلى العربية إلا النزر اليسير.