٤- كلية اللغة العربية: وهي تعنى بدراسة علوم اللغة العربية والتاريخ وطرق البحث العلمي إلى جانب سائر العلوم الإسلامية.
٥- كلية الحديث: وهي تقوم بتدريس علوم السنة النبوية والإسلام والمذاهب المعاصرة، وطرق الدعوة والتدريس، وحاضر العام الإسلامي إلى جانب دراسات في التوحيد والتفسير وأصول الفقه، واللغة العربية، ونظام الإسلام والأديان والفرق والمذاهب.
ومدة الدراسة بكليات الجامعة الإسلامية أبع سنوات ويحصل المتخرج فيها على الشهادة العالية أي الليسانس.
٦- قسم الدراسات العليا: وهو قسم مستقل عن الكليات - ويمنح القسم درجة الماجستير ودرجة الدكتوراه، وفيه الآن أربع شعب وهي: شعب التفسير، وشعبة السنة النبوية، وشعبة أصول الفقه، وشعبة الفقه.
٧- شعبة اللغة العربية لغير العرب وتعنى بتعليم اللغة العربية والعلوم الإسلامية للطلاب الوافدين إلى الجامعة الذين لا يتكلمون اللغة العربية أو لا يجيدونها حتى يتمكنوا من الدراسة والتخاطب بها، وبعد نجاح الطالب فيها يلحق بالمرحلة الدراسية المناسبة حسب مؤهلاته العلمية، وتعتبر هذه الشعبة من أهم شعب الجامعة من حيث الغاية ودورها في تعليم اللغة وعلومها لغير الناطقين بها، ومدة الدراسة فيها الآن سنتان.
٨- المعهد الثانوي: ويعنى بالدراسات الإسلامية والعربية. ويلتحق به الحاصلون على شهادة المرحلة المتوسطة (الإعدادي) أو ما يعادلها. ويحصل الطالب منه الشهادة الثانوية، ومدة الدراسة فيه ثلاث سنوات.
٩- معهد الدراسة المتوسطة: ويحصل الطالب منه على شهادة المرحلة المتوسطة (الإعدادي) ويعنى أيضا بالدراسات الإسلامية والعربية، ومدة الدراسة فيه ثلاث سنوات.
١٠- دار الحديث: وكانت مدرسة أهلية مستقلة وضمت إلى الجامعة الإسلامية عام ١٣٨٤هـ. وتوجد بمكة المكرمة أيضا دار مماثلة تابعة لجامعة تتفق مع دار الحديث المدنية، في المناهج والخطط الدراسية.