ومما تقدم نرى أن الفرق بين (المنهج العلمي) و (المنهج التطبيقي) هو أنه في المنهج الأول يكون التفسير على ضوء المعارف العلمية المتخصصة، فالعلماء يكتشفون، والمفسرون يفقهون آيات الله الكونية على ضوء هذه الكشوف.
أما في المنهج الثاني، فإن المفسرين بفقههم لآيات القرآن الكونية، يقدمون تفسيرات تتضمن أفكاراً علمية عن الكون، قابلة للبحث والدراسة، والعلماء- انطلاقا من هذه الأفكار - يبحثون في الكون عن حقيقة ما أشار إليه القرآن وأوضحه المفسرون.
وبعبارة أخرى، يكون القرآن في (المنهج العلمي) تابعاً في فهمه وتفسيره لحقائق العلم، أما في (المنهج التطبيقي) ، فيكون العلم تابعاً في اكتشافاته وحقائقه لما جاءت الآيات به القرآنية وأوضحه المفسرون. وشتان ما بين أن يكون القرآن تابعاً في منهجه لمكتشفات وأن يكون متبوعا، تنطلق منه: الأفكار العلمية، فيصبح بذلك مصدراً هاما للبحوث عن الكونيات، ويقود المسلمين إلى هذا المجال الواجب من المعرفة.
من المقرر أن يجتمع خمسمائة طبيب وكيميائي، وحكيم هندي، كلهم مسلمون، يحضرون من كافة أرجاء الولايات المتحدة، وكندا، والهند، ليجتمعوا بمدينة (أورلاندو- فلوريدا) بالولايات المتحدة الأمريكية، حيث يناقشون موضوعا مهما بالنسبة لأطباء القرن العشرين، ذلك الموضوع هو:(الطب الإسلامي في القرن الخامس عشر الهجري) .