وهذه المدارس تتكون من الصفين (الخامس والسادس الابتدائي) يقبل بها التلاميذ الآتون من الخلاوي الذين حفظوا القرآن ويرغبون في مواصلة تعليمهم، أو من الذين درسوا في مراكز محو الأمية أو ممن علموا أنفسهم عن طريق الجهد الذاتي، وهي تنشأ كوحدة مستقلة أو في دورة ثانية في مدرسة ابتدائية قائمة يلحق بها من استطاعوا الوصول إلى مستوى الصف الرابع الابتدائي، ولا تتجاوز أعمارهم الثالثة عشرة ليواصلوا الدراسة إلى نهاية المرحلة التعليمية التالية.
والنتيجة أن هذا النظام سيؤدي من ناحية إلى استمرار الخلوة كمؤسسة لتحفيظ القرآن بدلا من إهمالها بسبب منافسة مدارس التعليم النظامي لها، وقد يؤدي من ناحية أخرى إلى ازدياد الخلاوي نظراً إلى أنها أقل كلفة ولأنها تعتمد على المجهود الشعبي..
إن نظام المدرسة التكميلية كمصب للخلاوي يعني نشر كتاب الله حفظا وتجويداً، ويعني ضم الصفوف من أبناء المسلمين إلى التعليم العام.. ومما لا شك فيه أن خريجي الخلوة سيكون لهم خير تأثير على المجتمع المدرسي، بل وعلى المجتمع عامة حين يتأهلون لقيادته مستقبلا..
من هذا المنظور لدور المدرسة التكميلية يتهيأ المسرح لرابطة العالم الإسلامي لكي تسهم بالإشراف الواعي المدرك لأبعاد هذا الدور، كما وتسخو بالدعم المالي في إعداد المعلمين الذين ستقوم على أكتافهم مهمة تنفيذ هذه السياسة الجديدة بالنسبة للفكر التربوي في السودان، وليس ذلك فحسب بل وربما هي جديدة حتى بالنسبة لبقية العالم الإسلامي في عمومه..
وقد أقامت رابطة العالم الإسلامي بمقر الدراسة في المعهد معسكراً إسلامياً كاملاً حشدت له مجموعة طيبة منتقاة من حملة المؤهلات العالية (الدكتوراه) كمعلمين وهم الذين تم إقناعهم بصورة شخصية بقبول التدريس بالمعهد خلال إجازاتهم الصيفية من الجامعتين الإسلامية وجامعة الخرطوم..