وكان لزاما على الجامعات الشرقية في البلاد الإسلامية أن تبقى على هذا الأساس للمنهج الدراسي وتضيف عليه ما شاءت من العلوم والفنون.
غير أن الجامعات الشرقية كانت في يوم ما تسير وفق خطة مرسومة خارج نطاقها ولم تكن تملك الخروج عنها، بل ربما حوربت عند قيامها كجامعة القاهرة عند إنشائها.
أما اليوم وقد أصبحت الجامعات ولله الحمد في أيدي أبنائها ولا نظارة لأجنبي عليها فقد تطلعت إلى إصلاح ذاتها وتطوير مناهجها إلى أن تحقق الغرض من إنشائها.
ومما يؤيد تطلع الجامعات إلى إصلاح وتطور ما أعلن في أوائل يناير من هذه السنة ١٩٦٣عن المجلس الأعلى للعلوم بالقاهرة أن دعا ستة علماء بارزين في بريطانيا وتشيكوسلوفاكيا وألمانيا الغربية للحضور إلى القاهرة للمساهمة مع العلماء العرب في تنفيذ بحوث الخطة العلمية للجمهورية العربية المتحدة (مجلة دعوة الحق العدد الرابع السنة السادسة يناير ١٩٦٣) فأصبح لهذه البلاد الحق في أن ترسم لنفسها خطة دراستها والعمل على تطويرها. وألزم ما يكون إنما هو الحفاظ على تراث الأمة من دين ولغة وتاريخ.
ومن هنا يتضح الجواب على السؤال الآتي: هل الأولى في الإصلاح إدخال العلوم الدينية في مناهج الجامعات المدنية أم إدخال العلوم المدنية في مناهج الجامعات الدينية بغية التقرب بينهما؟.ومهما يكن من شيء فإن لكل جهة دعاتها وأنصارها.
غير أن الواقع العملي والشعور الديني يؤيدان الرأي الأول، حيث أن حاجة الطالب المدني إلى العلوم الدينية أشد من حاجة الطالب الديني إلى العلوم المدنية.