وقال الذهبي في الميزان أيضا:"كان ابن المديني خوافا متاقيا في مسألة القرآن مع أنه كان حريصا على إظهار الخير فقد قال ابن أبي خيثمة في تاريخه: سمعت يحيى بن معين يقول: كان ابن المديني إذا قدم علينا أظهر السنة وإذا ورد البصرة أظهر التشيع ثم قال الذهبي: قلت كان ذلك بالبصرة ليؤلفهم على حب علي رضي الله عنه، فإنهم عثمانية". انتهى. وقال الحافظ ابن حجر في التقريب:"عابوا عليه إجابته في المحنة لكنه تنصل وتاب واعتذر بأنه كان خاف على نفسه"، وقال الذهبي في تذكرة الحفاظ بعد أن ذكر كثيرا من ثناء الأئمة عليه:"قلت مناقب هذا الإمام جمة لو ما كدرها بتعلقه بشيء من مسألة خلق القرآن وتردده إلى أحمد بن أبي دؤاد إلا أنه تنصل وندم وكفر من يقول بخلق القرآن، فالله يرحمه ويغفر له". انتهى.
وقد جاء عنه الثناء على الإمام أحمد في صبره في المحنة وقال:"إن الله أعز هذا الدين برجلين، أبو بكر الصديق يوم الردة وأحمد بن حنبل يوم المحنة".
وقال ابن أبي حاتم الرازي في كتاب الجرح والتعديل:"وترك أبو زرعة الرواية عنه من أجل ما كان منه في المحنة وكان أبي يروي عنه لنزوعه عما كان منه".
وفي تاريخ بغداد أن عباس العنبري روى عنه أنه قال:"قوي أحمد على السوط وأنا لا أقوى"وقال ابن عمار: "ما أجاب إلى ما أجاب ديانة إلا خوفا"، وقال ابن السبكي في طبقات الشافعية:"وكان علي بن المديني ممن أجاب إلى القول بخلق القرآن في المحنة فنقم ذلك عليه وزيد عليه في القول، والصحيح عندنا أنه إنما أجاب خشية السيف"قال ابن عدي: "سمعت مسددا ابن أبي يوسف الفلوسي يقول:
قلت لابن المديني: مثلك في علمك يجيب إلى ما أجبت إليه. فقال يا أبا يوسف: ما أهون عليك السيف"، وعنه:"خفت أن أقتل ولو ضربت سوطا واحدا لمت".