خرج حديثه البخاري ومسلم في غير الصحيحين وتأخرت وفاته عن مسلم بخمسين سنة وروايتهما عنه من رواية الأكابر عن الأصاغر وقد روى عنه حفيده محمد بن الفضل، وتوفي سنة سبع وثمانين وثلاثمائة وبين وفاته ووفاة الإمام البخاري مائة وسبع وعشرون سنة فهو مثال للسابق واللاحق.
ثناء الأئمة عليه:
أثنى عليه أهل زمانه ومن بعدهم وذكروه بالجميل عقيدة وعلماً وعملاً قال أبو عثمان الزاهد:"إن الله ليدفع البلاء عن أهل نيسابور بابن خزيمة"وقال حفيده محمد بن الفضل: "كان جدي لا يدخر شيئاً بل ينفقه على أهل العلم ولا يعرف الشح ولا يميز بين العشرة والعشرين". وقال أبو علي النيسابوري:"لم أرَ مثل ابن خزيمة". وقال أبو أحمد حسنك عن ابن خزيمة قال:"ما كتبت سواداً في بياض إلا وأنا أعرفه". وقال أبو علي النيسابوري:"كان ابن خزيمة يحفظ الفقهيات من حديثه كما يحفظ القارئ السورة". وقال أبو حاتم ابن حبان:"ما رأيت على وجه الأرض من يحسن صناعة السنن ويحفظ ألفاظها الصحاح وزياداتها حتى كأن السنن بين عينيه إلا محمد بن إسحاق بن خزيمة فقط". وقال الدارقطني:"كان ابن خزيمة إماماً ثبتاً معدوم النظير". وقال أبو العباس ابن سريج وذكر له ابن خزيمة فقال:"يستخرج النكت من حديث رسول الله صلى الله عليه وسلم بالمنقاش". وقال ابن أبي حاتم - وقد سئل عن ابن خزيمة- ويحكم "هو يسأل عنا ولا يُسأل عنه هو إمام يُقتدى به" وقال: "هو ثقة صدوق". وقال الذهبي في التذكرة:"الحافظ الكبير إمام الأئمة شيخ الإسلام"وقال: "روى وجود وصنف واشتهر اسمه وانتهت إليه الإمامة والحفظ في عصره بخراسان"وقال: "هذا الإمام كان فريد عصره"، وقال ابن حبان:"لم نرَ مثله في حفظ الإسناد والمتن"وقال أبو إسحاق الشيرازي: "وكان يقال له إمام الأئمة وجمع بين الفقه والحديث"، وحكى عنه أبو بكر النقاش أنه قال:"ما قلدت أحداً في مسألة منذ بلغت ست عشرة سنة". وقال أبو زكريا العنبري