مادة ٦: تتكون كل كلية من عدد من الأقسام يتولَّى كل منها تدريس المواد التي تدخل في اختصاصه ولا يجوز أن تتكرر الأقسام المتماثلة إلا بقرار من المجلس الأعلى بناء على اقتراح مجلس الجامعة ويتكون قسم الدراسات العليا من الشعب التي يقترحها مجلس الجامعة ويوافق عليها المجلس الأعلى.
مادة ٧: يتبع الجامعة معهد ثانوي لأعداد الطلاب من خارج المملكة وداخلها لالتحاق بكليات الجامعة ومعاهدها، ويتبعها معهد متوسط، ودار الحديث بمكة المكرمة ودار الحديث بالمدينة المنورة، لأعداد الطلاب للمرحلة الثانوية كما تتبعها شعبة لتعليم اللغة العربية لغير العرب.
وتبيِّن اللائحة التنفيذية نظام الدراسة بالمعاهد، والدور، والمدارس التي تتبع الجامعة والإشراف عليها وإدارتها.
مادة ٨: اللغة العربية هي لغة التعليم، ويجوز عند الضرورة تدريس بعض المواد بلغة أخرى بقرار من مجلس الجامعة بناء على اقتراح مجلس الكلية أو المعهد.
السلطات في الجامعة:
مادة ٩: جلالة الملك هو الرئيس الفخري للجامعة.
مادة ١٠: يتم اختيار الرئيس الأعلى للجامعة بأمر ملكي.
مادة ١١: يتولى السلطات الجامعية:
أ- المجلس الأعلى
ب- مجلس الجامعة.
ج- رئيس الجامعة.
مادة ١٢: يتولى إدارة كل كلية أو معهد:
أ- عميد الكلية أو مدير المعهد.
ب- مجلس الكلية أو المعهد.
المجلس الأعلى
مادة ١٣: يؤلف المجلس الأعلى على النحو التالي:
أ- الرئيس الأعلى للجامعة وله رئاسة المجلس.
ب- رئيس الجامعة.
ج- نائب رئيس الجامعة.
د- وكيل وزارة المعارف.
هـ- رئيس إدارة البحوث العلمية والإفتاء والدعوة والإرشاد.
و الأمين العام لرابطة العالم الإسلامي.
ز- الأمين العام للجامعة.
ح- رئيس قسم الدراسات العليا.
ط- عميد واحد يختاره مجلس الجامعة لمدة ثلاث سنوات غير قابلة للتجديد.