ي- ثلاثة عشر عضوا من كبار العلماء وقادة الفكر الإسلامي ومديري الجامعات وأساتذتها أو ممن سبق لهم شغل هذه المناصب، ويراعى في اختيارهم تنوع الاختصاص، على أن يكون بينهم عشرة أعضاء من خارج المملكة، يمثلون مختلف المناطق الإسلامية ويصدر أمر ملكي بتعيينهم لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد، بناء على اقتراح رئيس الجامعة.
مادة ١٤: المجلس الأعلى هو السلطة المهيمنة على كافة الشئون العلمية، وشئون الدعوة والشئون المالية والإدارية للجامعة ووضع السياسة العامة التي تسير عليها، وله أن يتخذ ما يراه من القرارات لتحقيق الأغراض التي قامت الجامعة من أجلها وفقاً لأحكام هذا النظام، وله على الأخص:
أ- إقرار اللوائح التنفيذية التي يضعها مجلس الجامعة.
ب- اقتراح إنشاء كليات أو معاهد جديدة
ج- الموافقة على إنشاء أقسام في الكليات والمعاهد، وعلى إنشاء شُعَب في قسم الدراسات العليا، بناء على اقتراح مجلس الجامعة.
هـ- وضع نظام خاص بمرتبات ومكافآت أعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم ومكافآت وإعانات الطلبة وغيرهم في الجامعة بالاتفاق مع وزارة المالية والاقتصاد الوطني وديوان الموظفين العام.
و اقتراح قواعد وشروط منح الإعانات للجمعيات والمؤسسات والمنظمات التي تتعاون مع الجامعة في أداء رسالتها تمهيدا لإقرارها من مجلس الوزراء.
ز- الموافقة على الحساب الختامي للجامعة.
ح- اقتراح تعديل نظام الجامعة لاستصدار مرسوم ملكي به.
وللمجلس تكوين لجان دائمة أو مؤقتة، من بين أعضائه أو من المختصين، للقيام بما يكفلها إياه.