الواقع أن الخلاف بين الكنيستين الكاثوليكية والأرثوذكسية استمر ما يقارب تسعة قرون منذ عام ١٠٥٤م عندما خرجت الكنيسة البيزنطية عن طاعة الكرسي البابوي في روما.
وتعنى كلمة (كاثوليك) في اليونانية القديمة (الجامعة) لتغطية الكنيسة لأماكن عدة في العالم بينما تعنى كلمة (أرثوذكس) مستقيم الرأي..
والخلاف الأساسي بينهما يرجع إلى رفض الأرثوذكس الإعتراف بالبابا رئيساً للكنيسة وعدم اعترافهم بعصمة البابا عن الخطأ.
وبالرغم مما ذكر من الأسباب الداعية لزيارة البابا في الشهور الماضية لتركيا المسلمة وأهمها ما تواجهه الكنيسة الأرثوذكسية من صعوبات نتيجة انتمائها وولائها إلى اليونان الدولة المتحاربة مع تركيا في قبرص، وتناقص أتباع الكنيسة في تركيا حيث كان عددهم عام ١٩٤٠ في القسطنطينية (اسطنبول) ١٦٦ ألفاً وتناقص إلى أقل من ستة آلاف بالرغم من هذه الأسباب المعلنة فإن السبب الأول هو مواجهة المسيحية الصليبية للمد الإسلامي والصحوة الإسلامية الناجحة في العالم بعامة وتركيا بخاصة والإتفاق على السبل والوسائل الكفيلة بإيقاف هذا الزحف ونشر المسيحية في العالم الإسلامي خاصة البلاد التي تسمح حكوماتها بذلك مثل السودان ومصر وغيرهما.