وإذا كانت الحرب ما تزال قائمة بين المسلمين واليهود ومن يمدهم بالمال والسلاح فإن الفيصل رحمه الله ما فتئ يدعو للجهاد لتحرير فلسطين واسترجاع بيت المقدس ثالث الحرمين وأولى القبلتين، وقد وجه رحمه الله إلى حجاج عام ١٣٨٧هـ قوله:"إن هناك مقدسات لكم تداس وتهان وترغم يومياً، هناك أرض المعراج، هناك أولى القبلتين، هناك ثالث الحرمين الشريفين، فهو لنا جميعاً، إنه ليس للعرب دونكم أيها الإخوان بل للمسلمين جميعاً، وإنه يتعرض اليوم لأعظم الكيد والحرمان، وإني لأهيب بإخواني المسلمين أن يهبوا لنصرة دينهم، للدفاع عن مقدساتهم لأن الله سبحانه وتعالى قد فرض علينا ذلك".
وكان رحمه الله يحرص على إبراز الناحية الإسلامية في قضية فلسطين، تلك القضية التي كانت تستأثر بأعظم اهتمامه، فكان يعمل على شد أزر أبناء فلسطين ومشاركتهم في الجهاد، ويأبى أن تكون الحلول السلمية سبيلاً لإضاعة حقوقهم أو التفريط بالوطن الإسلامي، وقد خطب رحمه الله عام ١٣٩٠هـ فقال:"هناك من يدعو لإيجاد حلول أو أن يكون هناك سلام، أو أن يكون هناك تفاهم ومقدساتنا مهانة، وبلادنا محتلة، وشعبنا مضطهد ومشرد، فإذا لم تكن هذه الحلول تؤمن لنا استعادة مقدساتنا واستعادة أراضينا والحفاظ على حقوق شعبنا المشرد فكيف يمكن أن نقبل هذه الحلول أو نرضخ لها، فهذا معناه أن نستسلم لأعدائنا وأن نقبل الهزيمة، وأن نرضى بتحطيم كرامتنا وعزتنا، إنني أربأ بإخواني المسلمين في كل قطر وإخواني العرب أن يقبلوا بحلول لا تؤمن لهم حقهم المغتصب، والحفاظ على كرامتهم المهانة والحفاظ على حقوق إخوانهم المشردين في كل قطر، الذين لم ينظر إليهم أحد أو يعترف بحقهم غيركم أيها الإخوان".