روى عن: أبيه جعفر بن محمد الصادق، ولا يدرى سمع منه أم لا، وابن عم أبيه حسين بن زَيْد بْن علي بْن الحسين بْن علي بْن أَبي طالب، وسفيان الثوري، ومعتب ويُقال: معتب مولى أبيه جعفر بن محمد، وأخيه موسى بن جعفر الكاظم (ت) ، وأبي سَعِيد المكي.
رَوَى عَنه: إِبْرَاهِيم بْن عَبْد اللَّهِ المدني، وابنه أحمد بن علي بْن جَعْفَر، وأَحْمَد بْن مُحَمَّد بْن عَبْد اللَّهِ بْن القاسم بن أَبي بزة المكي المقرئ البزي، وابن ابن أخيه إسماعيل بْن مُحَمَّد بْن إسحاق بْن جعفر، وحسين بن زيد الأصغر، وأبوه زيد بن علي الأصغر وهو زيد بن علي بن حسين بْن زيد بْن عَلِيّ بْن الحسين بْن علي بْن أَبي طالب، وسلمة بن شبيب النيسابوري، وابن ابنه عبد الله بْن الْحَسَن بْن علي بْن جعفر، وعبد الجبار والد عَمْرو بن عبد الجبار، وعبد الرحمن بن محمد الأزدي، وعبد العزيز بْن عَبْد اللَّهِ الأُوَيسي، وعلي بْن الْحَسَن بْن علي بْن عُمَر بْنِ عَلِيِّ بْنِ أَبي طالب، وأبو الزبير محمد بن عبد العزيز بْن عَبْد الرَّحْمَنِ، وابنه محمد بن علي بن جعفر، ومحمد بن النضر بن مساور المروزي، ونصر بن علي الجهضمي (ت) ، وهارون بن موسى الفروي.
قال الزبير بن بكار: وولد علي بن جعفر بن محمد: محمدا وحسنا لأُم ولد، وجعفرا وكلثم أمهما فاطمة بنت مُحَمَّد بْن عَبْد اللَّهِ بْن علي بْن الحسين بْن علي بْن أَبي طالب. وأمهما أم ولد، وأحمد بن علي لأُم ولد.
قال ابن أخيه إسماعيل بْن مُحَمَّد بْن إسحاق بْن جعفر: مات سنة