ثم إن النقص الكبير في المخطوطة -حيث تنتهي النسخة الموجودة في منتصف حرف الميم تقريبًا- يحفز على استدراكه ما أمكن ذلك، خاصة وأن المؤلف بين في مقدمة الكتاب المصادر التي أخذ منها، والمنهج الذي اتبعه، فضلًا عما يدركه من يعايش المخطوطة دراسة وتحقيقا.
لذا اتخذ المجلس العلمي للمركز قرارًا بتحقيق المخطوطة وفق الأسس المنهجية التي أقرها وطبقها المركز من قبل في تحقيق مخطوطة المغانم المطابة في معالم طابة للفيروزآبادي، كما قرر إكمال الكتاب بمنهج المؤلف ومن مصادره ذاتها.
ومن أهم ملامح منهج المؤلف: التوسع في مفهوم (العَلَم) الذي أثرى الكتاب، وتضمن إضافة إلى الذين ولدوا وعاشوا في المدينة المنورة مَنْ نشأ فيها ثم انتقل منها، ومن جاور فيها، ومن زارها ودرَّس في مسجدها النبوي، ومن كان له أثر فيها أو في حياة سكانها، كالذين أرسلوا الأموال لأهلها، أو أوقفوا أوقافًا فيها، أو أوصوا بأن يدفنوا في بعض مواقعها، فاشتمل الكتاب على تراجم لملوك وسلاطين وأمراء ووزراء ومحدثين وفقهاء ومؤرخين وأدباء وحرفيين وحتى اللصوص وقطاع الطرق الذين تأذى منهم أهل المدينة، إضافة إلى شيوخ المؤلف وأقرانه وتلاميذه. وقد أولى المؤلف معاصريه من سكان المدينة عناية خاصة حتى لنظن أنه استقصى كل من وصل إليه خبر عنه.
وقد اعتمد المؤلف في ترجمة الأقدمين على مصادر حديثة وتاريخية فكان مصدره الرئيسي في ترجمة الصحابة:"الإصابة" لابن حجر و"الاستيعاب" لابن عبد البر و"الطبقات الكبرى" لابن سعد، وفي ترجمة من بعدهم "التاريخ الكبير" للبخاري و"الثقات" لابن حبان و"الجرح والتعديل" لابن أبي حاتم و"تهذيب الكمال"