والأخلاقية، ينبغي شرعًا الرجوع إلى المصدر الذي أخذت منه هذه الخلايا:
أ- إذا كان مصدر هذه الخلايا الجذعية عن طريق إهلاك الأجنّة البشرية وتدميرها لاستخدامها في ما يعرف بالعلاج الخلوي، أو تحت مسمى الاستنساخ العلاجي (باتباع تكنولوجيا الاستنساخ المعروفة)، فإن الإسلام يمنع انتهاك حرمة الجنين الآدمي، ولا يسمح بإجراء تجارب الاستنساخ البشري، ولو كان المبرر وجود الحاجة للتداوي والمعالجة لأمراض مستعصية أو خطيرة، فإنه يمنع شرعًا استنساخ الأجنّة للحصول على الخلايا الجذعية الجينية، كما أنه لا يجوز إسقاط الحمل بدون عذر شرعي، أو التبرع بالنطف المذكرة أو المؤنثة لإنتاج بويضات مخصّبة، تتحول بعد ذلك إلى جنين بغرض الحصول على الخلايا الجذعية منه.
ب- أما إذا كان الحصول على هذه الخلايا الجذعية عن طريق الأجنة المجهضة تلقائيًّا، أو بسبب علاجي مشروع أو من الحبل السري، أو من المشيمة للمواليد، فإنه يجوز ذلك في إطار المباح، على أساس الموازنة الشرعية بين المفاسد والمصالح، بأن تكون الأبحاث والتجارب العلمية أو الطبية جادة وهادفة، وأن تقف عند الحد الشرعي، مع مراعاة الأحكام الشرعية المعتبرة.
ج- يجوز أيضًا استخدام الخلايا الجذعية المأخوذة من الأطفال والبالغين على حدّ سواء من خلايا أنسجة البالغين؛ كنخاع العظام، والخلايا الدهنية، إذا عبَّر الشخص موضوع البحث أو التجريب عن قبوله لذلك، وموافقة ممثله الشرعي (إذا كان طفلًا)، وكان أخذها منه لا يشكل ضررًا عليه، وأمكن تحويلها إلى خلايا علاجية ذات فائدة لشخص مريض، وكان الاستخدام يحقق مصلحة علاجية معتبرة.
د- وأما فيما يتعلق بمسألة استخدام الفائض من اللقاح والأمشاج الآدمية في