رتب المصنف ﵀ كتابه هذا ترتيبًا معجميًا في القسم الأول منه، ويرجع إليه بالطريقة التي يرجع بها إلى المعاجم بحسب الكلمة محل البحث، ومع ذلك فلا بد من ملاحظة الأمور الآتية.
١ - في بعض الأحيان لا يلتزم المصنف بالطريقة المعجمية بل يأخذ الأحرف الثلاثة أول الكلمة ويعدها مادة الكلمة، فالكلمة "مقبرة" تجدها في مادة (م ق ب) والأصل أن تكون في مادة (ق ب ر) وكلمة "كردس" جاءت في مادة (ك ر د) والأصل أن تكون في مادة (ك ر س) وهكذا …
٢ - عقب كل مادة فرعية يأتي المصنف بفصل تحت عنوان "الاختلاف والوهم" مثل حرف الهمزة مع الباء، أو الهمزة مع الشين .. وهذا يعني أنه يوجد في حرف الهمزة أكثر من عشرين فصلًا للاختلاف والوهم … وهكذا بقية الأحرف فإذا رجعت إلى كلمة ما فمن الضروري الرجوع إلى هذا الفصل الموجود في آخر ذلك الحرف الفرعي، لأن المصنف كثيرًا ما يزيد في هذا الفصل الأمر إيضاحًا وبيانًا. وإذا لم تجد الكلمة محل البحث في مادتها، فربما وجدتها في هذا الفصل.
٣ - في آخر كل حرف من الحروف، كالهمزة والباء، عدد من الفصول يتعلق بالحرف كله ذلك:
فصل في بيان الأماكن التي تبدأ أسماؤهما بالحرف محل البحث. وفصل في مشكل الأسماء والكنى.