أولهما: هو دعوى الاجتهاد المطلق، مع عدم الكفاية من الناحية الروحية العلمية، وفساد الاستعداد من الناحية الروحية والسلوكية.
وثانيهما: هو أنهم مع ترفعهم عن الإقتداء بالأئمة الأعلام من فقهاء المسلمين، تراهم يقتدون بالبروتستانت في تنقيح الإسلام، وباتخاذ قرارات تعمل على تطوير الإسلام حسب زعمهم، مقتدين بالمجامع المسيحية المقدسة".
ثم يتكلم عن المدرسة الإصلاحية وكيف أنه تأثر بالمستشرقين أيما تأثر فيقول:
أما الشيخ محمّد عبده: فقد اتصل بالمعتمد البريطاني كرومر بعد عودته من المنفى، وتعاون معه، ومن ثم فقد حماه الحاكم العسكري هذا، وشجع دعوته في إصلاح التعليم والقضاء والأزهر، تحت مظلة توجيهات المستعمر الإنجليزي.
يقول كرومر مشيدًا بتعاون الشيخ: "إن أهمية الشيخ محمّد عبده السياسية، ترجع إلى أنه يقوم بتقريب الهوة التي تفصل بين الغرب وبين المسلمين، وأنه هو وتلاميذ مدرسته، خليقون بأن يقدم لهم كل ما يمكن من العون والتشجيع، فهم الحلفاء الطبيعيون للمصلح الأوروبي "لقد كان محمّد عبده يبذل للإنجليز النصيحة خالصة، ويرشدهم إلى ما يوطد احتلالهم، وقد صرح كرومر بأن الشيخ سيظل مفتيًا في مصر، ما بقيت بريطانيا العظمى محتلة لها".
ويقول كرومر أيضًا "كان لمعرفة الشيخ العميقة بالشريعة الإسلامية، ولآرائه المتحررة المستنيرة، أثرها في جعل مشورته والتعاون معه عظيم ويؤخذ على الشيخ أيضًا: اشتراكه مع أستاذه الأفغاني في المحافل الماسونية، وتعاونه مع أستاذه في نشر مبادئها. والجدوى".
وكان الشيخ هو الذي صاغ برنامج الحزب الوطني المصري وجاء فيه: "الحزب الوطني حزب سياسي ديني، مؤلف من رجال مختلفي العقيدة والمذهب، وجميع النصارى واليهود، وكل من يحرث أرض مصر ويتكلم لغتها منضم إليها".
ويقول كرومر بأنه تشجيعًا لهذا الحزب وعلى سبيل التجربة، قد اختار أحد رجاله وهو سعد زغلول وزيرًا للمعارف؟ ! !
ويؤخذ على الشيخ أيضًا: اشتراكه مع أستاذه الأفغاني في المحافل الماسونية, وتعاونه مع أستاذه في نشر مبادئها.
وكان الشيخ محمّد عبده قد تأثر بعض المستشرقين خلال إقامته في فرنسا، واستمرت صلته بعد عودته من المنفى، وكان قد أراد أن يثبت لهم أهمية العقل في نظر الإسلام، وإحياء فكرة الاجتهاد، فاصطدم بالواقع ومال إلى الغلو، وكان من ذلك فتاواه في تأويل أحكام الفقه تأويلًا عصريًا، يبرر الواقع أمام الحضارة الغربية، كإباحة بعض أنواع الربا، ومنهجه في التفسير، والحد من تعدد الزوجات، وحظر الطلاق .. إلخ.
"وانسياقًا مع الأثر العصراني الغربي، أنشأ جمعية سياسية دينية سرية، هدفها التقريب بين الأديان السماوية الثلاثة، كان ذلك في بيروت، واشترك معه في تأسيسها: ميرزا باقر وعارف أبو تراب، والقس إسحاق تيلر، وبعض الإنجليز واليهود، وكان الإمام صاحب الرأي الأول فيها.
وكان لتلامذة الشيخ محمّد عبده دور كبير في تطوير آرائه، والجنوح بها بعيدًا نحو العلمانية