حفظ الإمام محمد الخضر حسين القرآن الكريم لفظاً ومعنى منذ صغره، وكان له القدوة في علمه وتعليمه، وكثيراً ما كان يلقي دروس التفسير ارتجالاً في رحلاته وجولاته، وفي مذكراته؛ لمجرد أن يُطلب منه تفسير آية، أو معنى كلمة، ونلمس في آثاره العلمية: استشهادَه بكتاب الله تعالى، وذكر الآيات القرآنية الكريمة التي تناسب المقام والمقال.
قام بتفسير القسم الأكبر من سورة البقرة، من الآية الأولى، وحتى الآية ١٩٥، إضافة إلى سورة الفاتحة، ونشر هذا القسم من التفسير في مجلة "لواء الإسلام"، بدءاً من العدد الأول الصادر في رمضان المبارك سنة ١٣٦٦ هـ. وتحت وطأة الشيخوخة لم يتمكن من الاستمرار في التفسير.
وفسَّر آيات كريمة من السور القرآنية في دروس دينية يلقيها في المساجد الكبرى.
يقول الإمام:"فمن واجب الكاتب في التفسير: أن يتجه إلى تمحيص الروايات، ولا يُعَوِّل إلا على ما صحَّت روايتُه، وأن يكون عارفاً بعلوم اللغة العربية، وفنون بلاغتها"(١).
وبهذا القول كان منهجه في التفسير: يمحِّص الروايات، ولا يعتمد إلا على الروايات الصحيحة، وهو- كما نعلم - من كبار علماء اللغة العربية، والعارف بفنونها، وعلى هذا المنهج مشى في كتابه "أسرار التنزيل".
(١) كتاب "بلاغة القرآن" بحث: "رأي في تفسير القرآن".