ولد محمد الخضر بن الحسين (اسمه الأصلي: محمد الأخضر) ببلدة "نفطة" يوم (٢٦ رجب ١٢٩٣ هـ الموافق لـ ٢١ جويلية ١٨٧٣ م)، وهو من عائلة مشهورة بالعلم، فجده للأم هو الشيخ مصطفى بن عزوز، وخاله هو الشيخ محمد المكي بن عزوز الذي تلقى عليه مبادئ العلم.
قضى الخضر سنوات طفولته الأولى بمسقط رأسه، ثم انتقل إلى تونس في العام ١٨٨٦ م، أين واصل تعلمه الابتدائي، ثم التحق بجامع الزيتونة (١٨٨٧ م).
وقد تأثر بجملة من العلماء المصلحين، من أبرزهم: سالم بوحاجب، وعمر بن الشيخ، ومحمد النجار.
في العام (١٣٢٢ هـ - شهر أفريل ١٩٠٤ م) أسس مجلة "السعادة العظمى"، وهي أول مجلة عربية ظهرت في تونس، وبعد انقطاعها عن الصدور، تولى
(١) كاتب تونسي - جريدة "الحرية" العدد الصادر يوم الخميس ١٢ جوان - حزيران ١٩٩٧ - تونس.